PDB-8k1w: Crystal structure of PLA2 from Saccharothrix espanaensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8k1w

タイトル

Crystal structure of PLA2 from Saccharothrix espanaensis

要素

PLA2

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

Phospholipase A2, prokaryotic/fungal / Prokaryotic phospholipase A2 / phospholipase A2 activity / Phospholipase A2 domain superfamily / arachidonate secretion / phospholipid metabolic process / Putative secreted protein

機能・相同性情報

生物種

Saccharothrix espanaensis DSM 44229 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.30193016757 Å

データ登録者

Zhang, Z.M. / Wang, F.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of PLA2 from Saccharothrix espanaensis
著者: Zhang, Z.M.

履歴

登録	2023年7月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8k1w.cif.gz	76.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8k1w.ent.gz	46.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8k1w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8k1w_validation.pdf.gz	417.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8k1w_full_validation.pdf.gz	417.7 KB	表示
XML形式データ	8k1w_validation.xml.gz	8.1 KB	表示
CIF形式データ	8k1w_validation.cif.gz	11 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/8k1w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/8k1w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PLA2

14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.741, 37.679, 84.557
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	PLA2 分子量: 14471.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharothrix espanaensis DSM 44229 (バクテリア) 株: DSM 44229 / 遺伝子: BN6_69480 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K0KBJ2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 30% 2-Propanol, 30% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 26771 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 25
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / Num. unique obs: 1276 / CC_1/2: 0.962

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692+SVN	精密化
autoPROC		data processing
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.30193016757→34.4166685094 Å / SU ML: 0.0759910977461 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38421975396 / 位相誤差: 15.2823014113

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.156880547326	2031	7.58656755444 %
R_work	0.152539211299	24740	-
obs	0.152838555594	26771	54.0926633125 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.4191999352 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.30193016757→34.4166685094 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	970	0	0	150	1120

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00597695479875	1003
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.06799414625	1355
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0385791292718	129
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00651298279597	181
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.8777491715	352

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.30194-1.3322	0.190061401794	122	0.172388578788	1467	X-RAY DIFFRACTION	48.4156002438
1.3322-1.3655	0.159624629231	125	0.153553984518	1547	X-RAY DIFFRACTION	50.3462812406
1.3655-1.4025	0.185301628401	130	0.163884706091	1561	X-RAY DIFFRACTION	51.3046116505
1.4025-1.4437	0.192407148165	128	0.152843640789	1558	X-RAY DIFFRACTION	51.2617816966
1.4437-1.4903	0.161191883674	130	0.147357186223	1588	X-RAY DIFFRACTION	52.092177077
1.4903-1.5436	0.160140951092	131	0.139117352931	1588	X-RAY DIFFRACTION	52.2651261782
1.5436-1.6054	0.173733230078	131	0.140807821175	1600	X-RAY DIFFRACTION	52.5022747953
1.6054-1.6785	0.172954162427	133	0.140717502634	1606	X-RAY DIFFRACTION	52.7609223301
1.6785-1.7669	0.172944791548	132	0.148468219622	1627	X-RAY DIFFRACTION	53.3515316955
1.7669-1.8776	0.163881287278	140	0.153444278943	1692	X-RAY DIFFRACTION	55.0480769231
1.8776-2.0226	0.144311660743	141	0.15847763838	1705	X-RAY DIFFRACTION	55.9224477431
2.0226-2.2261	0.177978058315	145	0.138772678198	1720	X-RAY DIFFRACTION	56.5837378641
2.2261-2.5481	0.155511881506	145	0.159775118745	1788	X-RAY DIFFRACTION	58.6824529447
2.5481-3.21	0.16391627147	147	0.159503595405	1798	X-RAY DIFFRACTION	59.0646826602
3.21-34.41	0.130635409194	151	0.152498732993	1895	X-RAY DIFFRACTION	61.8500604595

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.10615498788	-0.246270603186	-0.340594375327	3.95342424998	2.05855582914	5.23946717106	-0.0389140526568	0.127904468785	-0.0655085105004	-0.200472742004	-0.00315149729472	-0.154390279177	0.0654784789185	0.121829657785	0.139198944421	0.142864168696	0.00565702755578	0.0156555764475	0.124848246351	-0.0185993896212	0.154699075307	16.7801094612	-8.94525282828	-16.6969422624
2	2.82713412448	1.47312729804	-0.393727829724	4.11727235501	-1.33823959952	3.35680653327	0.0266192887236	-0.00387280316614	-0.188415546507	0.0287036482429	0.0633624834718	-0.124544275684	0.0665085450229	0.1075359578	-0.00126119191233	0.113121806272	0.0065729623533	0.00135059545998	0.150998747816	-0.00475678394973	0.122356708581	21.3700624508	-1.19540605161	-9.0304772299
3	0.555481333235	0.15934224628	-0.130975373081	0.433851429863	0.340422792803	1.34819281162	0.00606440933262	0.0400920097288	0.0409779474929	-0.0358036041064	-0.018263772499	0.0105743555668	-0.0424482162713	-0.0956330539478	0.0206968487917	0.115935224059	0.00340319519512	0.00107924482229	0.121365075248	0.00199888041023	0.115833102999	10.5879332426	1.72423688649	-11.1931485883
4	1.41933840056	0.440776140673	0.813645302336	0.857671074993	0.531476431475	1.40063206314	-0.0453166046578	-0.0604726276213	-0.0284482700355	0.0319723505887	0.0354580490913	0.0306829520916	0.030685964515	-0.0305492359164	0.00994678747098	0.126010545496	0.00172093650033	0.0136342098034	0.119717306798	0.0116772252161	0.120157466549	5.77576580423	-2.16662146683	0.587062944367
5	0.408737380574	0.497355765412	0.072360647411	1.13020869212	0.108361081325	1.45388556074	0.380829110517	-0.485843482336	-1.0144340406	0.620416070461	0.165620770743	-0.994860122541	1.02111034258	0.899716382022	-0.51704062833	0.331552262023	-0.0347493248089	-0.141872271435	0.412307154683	0.0668501637228	0.38393817537	-2.21806499489	5.10006826746	-12.5248305165

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 15 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 28 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 29 through 75 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 76 through 114 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 115 through 121 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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