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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k1m | ||||||
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タイトル | mycobacterial efflux pump, apo state | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / efflux pump | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / response to antibiotic / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, Y. / Wu, F. / Zhang, L. / Rao, Z. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: mycobacterial efflux pump, apo state 著者: Wang, Y. / Wu, F. / Zhang, L. / Rao, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8k1m.cif.gz | 173.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8k1m.ent.gz | 132 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8k1m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8k1m_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8k1m_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8k1m_validation.xml.gz | 40.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8k1m_validation.cif.gz | 57.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/8k1m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/8k1m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 36795MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56698.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: transmembrane domain 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 遺伝子: Rv1217c / プラスミド: pMV261 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: O05318 | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 31227.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: nucleotide binding domain 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 遺伝子: Rv1218c / プラスミド: pMV261 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 参照: UniProt: O86311, トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う #3: 化合物 | ChemComp-L9Q / ( | #4: 化合物 | ChemComp-CDL / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ternary complex of an ABC transporter Rv1217c-1218c / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 0.12 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) プラスミド: pMV261 |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 150mM NaCl, 20mM Tris, detergent |
試料 | 濃度: 8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: sample was monodisperse |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 29000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2.4 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5900 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1616966 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 270648 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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