[日本語] English
万見
- PDB-8k1k: KtrA bound with ATP and sodium -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k1k
タイトルKtrA bound with ATP and sodium
要素Ktr system potassium uptake protein A
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Potassium channel
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic cation transmembrane transporter activity / potassium ion transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / TrkA-N domain / Regulator of K+ conductance, N-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / RCK N-terminal domain profile. / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ktr system potassium uptake protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Chiang, W.T. / Chang, Y.K. / Hu, N.J. / Tsai, M.D.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis and synergism of ATP and Na activation in bacterial K uptake system KtrAB.
著者: Wesley Tien Chiang / Yao-Kai Chang / Wei-Han Hui / Shu-Wei Chang / Chen-Yi Liao / Yi-Chuan Chang / Chun-Jung Chen / Wei-Chen Wang / Chien-Chen Lai / Chun-Hsiung Wang / Siou-Ying Luo / Ya-Ping ...著者: Wesley Tien Chiang / Yao-Kai Chang / Wei-Han Hui / Shu-Wei Chang / Chen-Yi Liao / Yi-Chuan Chang / Chun-Jung Chen / Wei-Chen Wang / Chien-Chen Lai / Chun-Hsiung Wang / Siou-Ying Luo / Ya-Ping Huang / Shan-Ho Chou / Tzyy-Leng Horng / Ming-Hon Hou / Stephen P Muench / Ren-Shiang Chen / Ming-Daw Tsai / Nien-Jen Hu /
要旨: The K uptake system KtrAB is essential for bacterial survival in low K environments. The activity of KtrAB is regulated by nucleotides and Na. Previous studies proposed a putative gating mechanism of ...The K uptake system KtrAB is essential for bacterial survival in low K environments. The activity of KtrAB is regulated by nucleotides and Na. Previous studies proposed a putative gating mechanism of KtrB regulated by KtrA upon binding to ATP or ADP. However, how Na activates KtrAB and the Na binding site remain unknown. Here we present the cryo-EM structures of ATP- and ADP-bound KtrAB from Bacillus subtilis (BsKtrAB) both solved at 2.8 Å. A cryo-EM density at the intra-dimer interface of ATP-KtrA was identified as Na, as supported by X-ray crystallography and ICP-MS. Thermostability assays and functional studies demonstrated that Na binding stabilizes the ATP-bound BsKtrAB complex and enhances its K flux activity. Comparing ATP- and ADP-BsKtrAB structures suggests that BsKtrB Arg417 and Phe91 serve as a channel gate. The synergism of ATP and Na in activating BsKtrAB is likely applicable to Na-activated K channels in central nervous system.
履歴
登録2023年7月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ktr system potassium uptake protein A
B: Ktr system potassium uptake protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8715
ポリマ－49,8342
非ポリマー1,0373
水00
1
A: Ktr system potassium uptake protein A
B: Ktr system potassium uptake protein A
ヘテロ分子

A: Ktr system potassium uptake protein A
B: Ktr system potassium uptake protein A
ヘテロ分子

A: Ktr system potassium uptake protein A
B: Ktr system potassium uptake protein A
ヘテロ分子

A: Ktr system potassium uptake protein A
B: Ktr system potassium uptake protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,48320
ポリマ－199,3348
非ポリマー4,14912
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area30800 Å2
ΔGint-212 kcal/mol
Surface area74230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.536, 122.536, 83.754
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Space group name HallI4
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Ktr system potassium uptake protein A / K(+)-uptake protein KtrA


分子量: 24916.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: ktrA, yuaA, BSU31090 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O32080
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES-KOH pH 7.5, 3% PEG 6000, 2.5% 2- methyl-2,4-pentanediol (MPD), 10 mM Thallium(I) acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2022年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→28.01 Å / Num. obs: 24361 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 15.2 % / Biso Wilson estimate: 88.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rrim(I) all: 0.043 / Χ2: 1.035 / Net I/σ(I): 50.39
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 5.03 / Num. unique obs: 1243 / CC1/2: 0.97 / CC star: 0.992 / Rrim(I) all: 0.431 / Χ2: 0.817 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→28.01 Å / SU ML: 0.4733 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.7165
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2689 2439 10.01 %
Rwork0.2207 21922 -
obs0.2254 24361 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 99.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→28.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3412 0 63 0 3475
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00233530
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53594782
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0463552
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0026600
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.3278470
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.060.36761380.35521260X-RAY DIFFRACTION99.57
3.06-3.120.43461480.34881284X-RAY DIFFRACTION100
3.12-3.20.46941460.33841293X-RAY DIFFRACTION99.93
3.2-3.280.371420.34041264X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.360.32721440.31361337X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.460.33821520.25491287X-RAY DIFFRACTION100
3.46-3.570.34211460.28491296X-RAY DIFFRACTION99.93
3.58-3.70.32391500.27571312X-RAY DIFFRACTION100
3.7-3.850.33081480.25061288X-RAY DIFFRACTION100
3.85-4.020.3131400.23411275X-RAY DIFFRACTION100
4.03-4.230.29281480.21981302X-RAY DIFFRACTION100
4.24-4.50.23561480.20211283X-RAY DIFFRACTION99.93
4.5-4.840.2331350.18681272X-RAY DIFFRACTION100
4.85-5.330.23011360.19731338X-RAY DIFFRACTION100
5.33-6.090.30011470.20351283X-RAY DIFFRACTION99.93
6.1-7.640.21961420.20951301X-RAY DIFFRACTION99.86
7.66-28.010.17071290.14641247X-RAY DIFFRACTION95.69
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.9945150793 Å / Origin y: 33.4520000818 Å / Origin z: -34.0827754447 Å
111213212223313233
T0.568439563599 Å20.0870048438668 Å20.0302424519458 Å2-0.729345777546 Å2-0.202832959003 Å2--0.679621716284 Å2
L2.03932253316 °2-0.689881810966 °20.117045906068 °2-3.07815698073 °2-0.959636299259 °2--2.07375386331 °2
S-0.505020478408 Å °-0.100484032684 Å °0.183793739425 Å °0.191517018629 Å °0.225119816956 Å °-0.396544706723 Å °-0.143156056005 Å °-0.343991381949 Å °0.269342506459 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る