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万見
- PDB-8k1h: Crystal structure of ethylene glycol-bound glycerol dehydrogenase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k1h
タイトルCrystal structure of ethylene glycol-bound glycerol dehydrogenase from Klebsiella pneumoniae
要素Glycerol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Glycerol Dehydrogenase / Ethylene Glycol
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol dehydrogenase / oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / glycerol metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycerol dehydrogenase / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 2. / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 1. / Alcohol dehydrogenase, iron-type, conserved site / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / L(+)-TARTARIC ACID / Glycerol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kang, W.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2021R1A6A1A10044154 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2022R1C1C1004221 韓国
引用ジャーナル: J. Korean Chem. Soc. / 年: 2024
タイトル: Crystal Structure of Glycerol Dehydrogenase from Klebsiella pneumoniae
著者: Ko, G.S. / Nguyen, T.Q. / Kho, S. / Kang, W.
履歴
登録2023年7月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycerol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9377
ポリマ－38,7841
非ポリマー1,1536
水4,576254
1
A: Glycerol dehydrogenase
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)319,49856
ポリマ－310,2738
非ポリマー9,22548
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area39920 Å2
ΔGint-424 kcal/mol
Surface area92130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.732, 179.732, 84.923
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Glycerol dehydrogenase


分子量: 38784.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: gldA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6TGD6, glycerol dehydrogenase

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非ポリマー , 5種, 260分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.18 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.6 M ammonium tartrate dibasic, 0.15 M sodium acetate trihydrate(pH4.6)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 40658 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.6 % / Biso Wilson estimate: 29.45 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 49.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2023 / CC1/2: 0.88 / Rrim(I) all: 0.91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZXL

5zxl


解像度: 2.1→48.95 Å / SU ML: 0.1939 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.6515
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1917 1999 4.92 %
Rwork0.1697 38625 -
obs0.1708 40624 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2695 0 73 254 3022
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00742819
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97533840
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0546450
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081496
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.7891398
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.150.25041390.20762687X-RAY DIFFRACTION98.64
2.15-2.210.27061410.19852724X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.280.26861420.1862745X-RAY DIFFRACTION99.97
2.28-2.350.24531400.18572715X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.430.19941420.18672740X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.530.23561420.18662730X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.650.16421410.17692739X-RAY DIFFRACTION99.97
2.65-2.780.22961420.17522740X-RAY DIFFRACTION100
2.79-2.960.21951420.18492750X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.190.23771430.19042755X-RAY DIFFRACTION99.97
3.19-3.510.19321430.1722771X-RAY DIFFRACTION100
3.51-4.020.1581440.15832777X-RAY DIFFRACTION100
4.02-5.060.14561460.13412833X-RAY DIFFRACTION100
5.06-48.950.16261520.16152919X-RAY DIFFRACTION99.03
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.02263977028-0.117223348548-0.3006934360931.204383708411.189363870882.190661365590.07778979097340.00794686227341-0.0646810238483-0.08962064766380.0823807364406-0.1023894933060.11537719558-0.00890095843492-0.1611757465430.250387358389-0.039035846521-0.02071396357790.1822356506730.01378719324510.24721371525-27.4562812876-35.5674567551-7.57790536477
22.092146732710.7216914825990.09127582617972.53398773160.3127160020041.87068743393-0.06160023796960.1380701928220.0361465070485-0.1825248089930.03572766326090.1968096912060.0418783770907-0.1854612175340.03590354708060.269664039676-0.0709135740521-0.05820609383290.231210689109-0.03170119754970.264584745137-34.9483903862-36.7785624347-16.970510208
30.7945043013-0.222900566083-0.3072954439981.339678374770.3419714090760.999560774750.006968703346590.125735754703-0.0928652989875-0.131756144939-0.01428728380980.18877748591-0.0183893639214-0.04915056424820.0002915655122220.22318765679-0.0294967995712-0.05088236103250.211786116069-0.02155728399390.213688230218-23.9157683338-20.4338896984-12.3122550086
42.09869545759-0.85434259337-0.01890906427832.96102757621-0.3993514652861.920252923220.09120735223460.283239185784-0.0779155310498-0.450207013172-0.08565391754950.2871139275880.00631123160342-0.1632595605140.002634165244910.275716312910.00388053495956-0.08349844453180.253046410682-0.026307151930.195768646695-28.0671678607-5.08348436677-22.2033704033
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 37 )1 - 371 - 37
22chain 'A' and (resid 38 through 131 )38 - 13138 - 131
33chain 'A' and (resid 132 through 248 )132 - 248132 - 248
44chain 'A' and (resid 249 through 367 )249 - 367249 - 367

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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