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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k1h | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of ethylene glycol-bound glycerol dehydrogenase from Klebsiella pneumoniae | |||||||||
![]() | Glycerol dehydrogenase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Glycerol Dehydrogenase / Ethylene Glycol | |||||||||
機能・相同性 | ![]() glycerol dehydrogenase / oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / glycerol metabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kang, W. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Glycerol Dehydrogenase from Klebsiella pneumoniae 著者: Ko, G.S. / Nguyen, T.Q. / Kho, S. / Kang, W. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 184.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 121.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8k1gC ![]() 5zxlS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
| x 8||||||||||||
単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 38784.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 260分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/NAD.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/TLA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NAD.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/TLA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-NAD / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.18 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.6 M ammonium tartrate dibasic, 0.15 M sodium acetate trihydrate(pH4.6) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 40658 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.6 % / Biso Wilson estimate: 29.45 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 49.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2023 / CC1/2: 0.88 / Rrim(I) all: 0.91 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5ZXL 解像度: 2.1→48.95 Å / SU ML: 0.1939 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.6515 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.67 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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