[日本語] English
万見
- PDB-8k1e: Crystal structure of a human menRNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k1e
タイトルCrystal structure of a human menRNA
要素RNA (58-MER)
キーワードRNA / MascRNA / tRNA-like / MALAT1
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者He, Y. / Deng, J. / Lin, X. / Huang, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171191 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2025
タイトル: Structural basis for tRNA mimicry by mascRNA and menRNA.
著者: He, Y. / Deng, J. / Lin, X. / Lu, Z. / Wang, L. / Xu, L. / Zhang, Y. / Wang, J. / Huang, L.
履歴
登録2023年7月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RNA (58-MER)
B: RNA (58-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,02818
ポリマ－37,5742
非ポリマー45416
水1,47782
1
A: RNA (58-MER)
ヘテロ分子

B: RNA (58-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,02818
ポリマ－37,5742
非ポリマー45416
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556x+1/2,y+1/2,z+11
Buried area710 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18850 Å2
手法PISA
2
A: RNA (58-MER)
ヘテロ分子

A: RNA (58-MER)
ヘテロ分子

B: RNA (58-MER)
ヘテロ分子

B: RNA (58-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,05636
ポリマ－75,1494
非ポリマー90732
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation3_556x+1/2,y+1/2,z+11
crystal symmetry operation4_555-x+1/2,y+1/2,-z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area36650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.589, 29.193, 99.144
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 126.748, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 24 or resid 28 through 58))
d_2ens_1chain "B"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: G / Beg label comp-ID: G / End auth comp-ID: U / End label comp-ID: U / Auth seq-ID: 1 - 6 / Label seq-ID: 1 - 6

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1AA
d_2BB

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.984298029865, -0.0834249107225, -0.155556011378), (-0.0833851126527, -0.996494246123, 0.00679267490115), (-0.155577348585, 0.00628503900984, -0.987803718808) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.984298029865, -0.0834249107225, -0.155556011378), (-0.0833851126527, -0.996494246123, 0.00679267490115), (-0.155577348585, 0.00628503900984, -0.987803718808)
ベクター: 1.60369151293, -19.7481210298, 45.8146286233)

-
要素

#1: RNA鎖 RNA (58-MER)


分子量: 18787.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.06 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.04 M Lithium chloride, 0.08 M Strontium chloride hexahydrate, 0.02 M Magnesium chloride hexahydrate, 28% v/v (+ / -)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.012 M Spermine tetrahydrochloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→79.44 Å / Num. obs: 15793 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 44.14 Å2 / CC1/2: 0.904 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.23→2.29 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1034 / CC1/2: 0.371 / % possible all: 90.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.23→36.25 Å / SU ML: 0.3434 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.831
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2659 786 4.99 %
Rwork0.2365 14966 -
obs0.238 15752 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→36.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2385 16 82 2483
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00242660
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59094142
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0289555
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046111
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.73091317
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.38884466801 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.23-2.370.3521250.31092327X-RAY DIFFRACTION94.49
2.37-2.550.34571470.30792472X-RAY DIFFRACTION99.92
2.55-2.810.32511140.32932521X-RAY DIFFRACTION100
2.81-3.220.291420.24412504X-RAY DIFFRACTION99.89
3.22-4.050.22731290.19352515X-RAY DIFFRACTION99.55
4.05-36.250.23321290.21642627X-RAY DIFFRACTION99.46
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.052071185361.07200027243-0.1792096633010.8009197227370.261997845111.701244728290.293476123859-0.627941746412-0.3199821290740.122723836999-0.273944449228-0.338654834462-0.1220883017630.0377245099442-0.02436230689850.232185199217-0.056388781326-0.04991041179210.3896995795340.0150238853940.41450977736123.3402672043-4.0618197060845.635360652
22.56842412538-0.461424070024-0.6726547428390.09755862989260.0337789585320.44202391530.195026420739-0.1202909358140.1253758192210.0369126489489-0.4424760558060.3761443643820.488179344085-0.6274078264210.2370238142720.344330019478-0.1029293117850.1006418191450.555254710479-0.09304663062050.65326200492348.79542752078.2649349110448.9682211165
32.14110988157-0.3896525324330.3467143764610.3572656726030.4583150208140.9061846683360.0317405337792-1.18487980014-0.001741110577630.06191433854220.106482419717-0.206321829850.09710404626090.06833393432040.00930211663110.316722016223-0.08061375534730.06121130642340.590879570093-0.06789874918280.49385067015935.26513858724.8214351451749.1785780021
42.542081329260.4064543022110.813442514981.410090578920.02827660007361.354525587640.197267740409-0.369852447260.1872452260020.0991272991407-0.205944401919-0.06244268162350.060903701869-0.2079305759730.02984354881140.189542656032-0.03359727633850.03504467584330.294436524174-0.04146979899450.28994067262315.21142841411.6223483954640.9407343951
51.8307345022-0.844259857811-1.026242877180.7536003305352.00298313023.361763965120.245808920020.2959822060930.462839128206-0.2473172594730.0992840275847-0.416499327145-0.483567059743-0.363205189284-0.3109590116360.7580594173120.002883991692450.04931536090290.4524620774850.005152049927050.41205022963913.1047665624-15.921808688-0.964537590848
60.844660397562-1.103586231330.5285410663853.028104628750.2448281877590.793994732044-0.659861253521-0.616420392306-0.4706421985860.8107389237431.01904275009-0.8203442142231.268865059181.92199758957-0.1841750831011.169589697010.448603375669-0.02750689528151.9640926605-0.08681961216991.0982378861432.092018389-26.907030685-9.99743843465
71.36735402385-0.179769401732-1.077494776740.5612037088730.480455795981.28399082374-0.01467898571940.250983225909-0.1133489868570.001096287599910.0519401744265-0.3022270268390.0399207372416-0.289791754815-0.01671586939390.8284816135770.00555525549437-0.0337800746390.359179647901-0.03508905082670.41098265640810.7929169021-22.8082155223.1655132872
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 21 )AA1 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 22 through 26 )AA22 - 26
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 27 through 36 )AA27 - 36
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 37 through 58 )AA37 - 58
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 16 )BB1 - 16
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 17 through 34 )BB17 - 34
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 35 through 58 )BB35 - 58

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る