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万見
- PDB-8k19: Neutralization antibody ZCP3B4 bound with SARS-CoV-2 Omicron BA.5 RBD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k19
タイトルNeutralization antibody ZCP3B4 bound with SARS-CoV-2 Omicron BA.5 RBD
要素
  • Spike protein S1
  • ZCP3B4 heavy chain
  • ZCP3B4 light chain
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.88 Å
データ登録者Tang, B. / Dang, S.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC) 香港
引用ジャーナル: EBioMedicine / 年: 2024
タイトル: Ultrapotent class I neutralizing antibodies post Omicron breakthrough infection overcome broad SARS-CoV-2 escape variants.
著者: Mengxiao Luo / Runhong Zhou / Bingjie Tang / Hang Liu / Bohao Chen / Na Liu / Yufei Mo / Pengfei Zhang / Ye Lim Lee / Jonathan Daniel Ip / Allen Wing-Ho Chu / Wan-Mui Chan / Hiu-On Man / ...著者: Mengxiao Luo / Runhong Zhou / Bingjie Tang / Hang Liu / Bohao Chen / Na Liu / Yufei Mo / Pengfei Zhang / Ye Lim Lee / Jonathan Daniel Ip / Allen Wing-Ho Chu / Wan-Mui Chan / Hiu-On Man / Yuting Chen / Kelvin Kai-Wang To / Kwok-Yung Yuen / Shangyu Dang / Zhiwei Chen /
要旨: BACKGROUND: The spread of emerging SARS-CoV-2 immune escape sublineages, especially JN.1 and KP.2, has resulted in new waves of COVID-19 globally. The evolving memory B cell responses elicited by the ...BACKGROUND: The spread of emerging SARS-CoV-2 immune escape sublineages, especially JN.1 and KP.2, has resulted in new waves of COVID-19 globally. The evolving memory B cell responses elicited by the parental Omicron variants to subvariants with substantial antigenic drift remain incompletely investigated.
手法: Using the single B cell antibody cloning technology, we isolated single memory B cells, delineated the B cell receptor repertoire and conducted the pseudovirus-based assay for recovered ...手法: Using the single B cell antibody cloning technology, we isolated single memory B cells, delineated the B cell receptor repertoire and conducted the pseudovirus-based assay for recovered neutralizing antibodies (NAb) screening. We analyzed the cryo-EM structures of top broadly NAbs (bnAbs) and evaluated their in vivo efficacy (golden Syrian hamster model).
FINDINGS: By investigating the evolution of human B cell immunity, we discovered a new panel of bnAbs arising from vaccinees after Omicron BA.2/BA.5 breakthrough infections. Two lead bnAbs ...FINDINGS: By investigating the evolution of human B cell immunity, we discovered a new panel of bnAbs arising from vaccinees after Omicron BA.2/BA.5 breakthrough infections. Two lead bnAbs neutralized major Omicron subvariants including JN.1 and KP.2 with IC values less than 10 ng/mL, representing ultrapotent receptor binding domain (RBD)-specific class I bnAbs. They belonged to the IGHV3-53/3-66 clonotypes instead of evolving from the pre-existing vaccine-induced IGHV1-58/IGKV3-20 bnAb ZCB11. Despite sequence diversity, they targeted previously unrecognized, highly conserved conformational epitopes in the receptor binding motif (RBM) for ultrapotent ACE2 blockade. The lead bnAb ZCP3B4 not only protected the lungs of hamsters intranasally challenged with BA.5.2, BQ.1.1 and XBB.1.5 but also prevented their contact transmission.
INTERPRETATION: Our findings demonstrated that class I bnAbs have evolved an ultrapotent mode of action protecting against highly transmissible and broad Omicron escape variants, and their epitopes ...INTERPRETATION: Our findings demonstrated that class I bnAbs have evolved an ultrapotent mode of action protecting against highly transmissible and broad Omicron escape variants, and their epitopes are potential targets for novel bnAbs and vaccine development.
FUNDING: A full list of funding bodies that contributed to this study can be found in the Acknowledgements section.
履歴
登録2023年7月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.22025年4月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.32025年4月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _em_admin.last_update
改定 1.42025年6月25日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ZCP3B4 heavy chain
B: ZCP3B4 light chain
E: Spike protein S1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3483
ポリマ－46,3483
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area3610 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18420 Å2

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要素

#1: 抗体 ZCP3B4 heavy chain


分子量: 12947.513 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 ZCP3B4 light chain


分子量: 11627.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 21772.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Neutralization antibody ZCP3B4 bound with SARS-CoV-2 Omicron BA.5 RBD
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 215557 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0053318
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7444502
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.415463
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.046488
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006581

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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