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- PDB-8k0y: Crystal structure of a medaka mascRNA U23G -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k0y
タイトルCrystal structure of a medaka mascRNA U23G
要素RNA (56-MER)
キーワードRNA / MascRNA / tRNA-like / MALAT1
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Oryzias latipes (ヒメダカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者He, Y. / Deng, J. / Lin, X. / Huang, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171191 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2025
タイトル: Structural basis for tRNA mimicry by mascRNA and menRNA.
著者: He, Y. / Deng, J. / Lin, X. / Lu, Z. / Wang, L. / Xu, L. / Zhang, Y. / Wang, J. / Huang, L.
履歴
登録2023年7月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (56-MER)
B: RNA (56-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,65422
ポリマ－36,0092
非ポリマー1,64420
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area8530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.360, 29.250, 98.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.560, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 11 or resid 13 through 56))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 22 or resid 29 through 56))

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: G / Beg label comp-ID: G / End auth comp-ID: C / End label comp-ID: C / Auth seq-ID: 1 - 3 / Label seq-ID: 1 - 3

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1AA
d_2BB

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999187717128, 0.0399312903662, 0.00542199129745), (-0.039817234732, -0.999012241863, 0.019726338368), (0.00620433382666, 0.019494426301, 0.999790714892)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999187717128, 0.0399312903662, 0.00542199129745), (-0.039817234732, -0.999012241863, 0.019726338368), (0.00620433382666, 0.019494426301, 0.999790714892)
ベクター: 65.4770424131, 57.9083369761, 0.501926491904)

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要素

#1: RNA鎖 RNA (56-MER)


分子量: 18004.605 Da / 分子数: 2 / 変異: U23G / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Oryzias latipes (ヒメダカ)
#2: 化合物
ChemComp-IR / IRIDIUM ION


分子量: 192.217 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ir
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.88 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.08 M Strontium chloride hexahydrate, 0.02 M Magnesium chloride hexahydrate, 18% v/v (+ / -)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.012 M Spermine tetrahydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→28.72 Å / Num. obs: 17707 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 63.97 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.28→2.34 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.174 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1336 / CC1/2: 0.618 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.28→28.08 Å / SU ML: 0.3618 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.1786
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2854 946 5.09 %
Rwork0.2486 32731 -
obs-17707 97.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→28.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2141 20 14 2175
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00492387
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9613713
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0408500
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076100
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.71071185
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.947020664154 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.28-2.340.45271450.42352489X-RAY DIFFRACTION98.21
2.34-2.410.41881530.38532577X-RAY DIFFRACTION98.73
2.41-2.490.40831390.34292535X-RAY DIFFRACTION98.64
2.49-2.580.35081280.33282593X-RAY DIFFRACTION99.63
2.58-2.680.36321320.32022634X-RAY DIFFRACTION99.46
2.68-2.80.3221200.31282494X-RAY DIFFRACTION98.75
2.8-2.950.32961300.30022534X-RAY DIFFRACTION95.79
2.95-3.130.27731470.22732381X-RAY DIFFRACTION93.91
3.13-3.380.30021530.19822438X-RAY DIFFRACTION94.67
3.38-3.710.23331290.2052494X-RAY DIFFRACTION95.83
3.72-4.250.21171350.17942543X-RAY DIFFRACTION97.49
4.25-5.350.25351040.20492519X-RAY DIFFRACTION97.26
5.35-28.080.2721420.26312500X-RAY DIFFRACTION96.39
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.388776373972-0.4141539897050.1328334007380.4328732066260.1714375728760.3756351049530.2315502814220.494604846465-0.4876533207860.273020408557-0.3075998113540.4233362550450.1392035132050.291629329959.91357397486E-50.5810131583770.0144842695691-0.0895583715270.5397706375410.001070580808610.80461397481555.8203560122.377679351154.8068546322
21.444738022010.3728902953120.02851488554120.09448570423410.02270469530040.1661465584080.330337511974-1.15008471755-1.256635115420.435199463079-0.231745793841-0.602499468508-0.05706991978380.1915080077670.009950628414651.03497134831-0.10106414549-0.3273311933540.9440588096280.215115364460.51059154550558.015508382414.076972923168.2263399994
31.220534205460.517532299908-0.5678232084380.240893283752-0.1109289059150.32885644177-0.3725180466740.0195292389569-0.2918713271910.5580311210230.134132635110.2042589469480.007144955024530.2380435908110.0007058943934310.5921612885290.0780597490368-0.01065720394690.6084175979180.04154994236290.52134740580852.452226223416.425533174152.4879253259
40.7964877517610.4912025297240.4718563014610.2825857806680.4305137828620.5404544346840.4256011908460.989051687108-0.1193802457870.4010155507660.0526659088581-0.3781902443820.0454777582013-0.4595196803280.03533261028630.6554279792660.07141029199810.06137546661710.654097175191-0.1576359465530.69689028060310.597563682934.584669805357.0908330335
50.0709875002973-0.0463655384590.04166227556220.612172341250.0980593702870.05093349406070.494469553365-1.271425064870.9468393261460.5643971419360.746616999810.330039231991-0.8419249484510.3952375712810.03371183775841.73857415733-0.1118496089890.2857627091181.48449276036-0.237379771890.804540642615.8307005799942.513480826976.4582617034
60.408778867010.00178265175071-0.2133271670260.135037933750.1640479463530.280989836268-0.2471240420250.05981534085650.2318321699390.4719185632870.2281117974410.495339828738-0.16525571356-0.540916727736-0.0006359241633270.7598902634730.09027447356850.05720876899470.760982532970.04111467000420.7632825325049.0828777489548.608575479255.1679054288
70.5422295710170.5396094139230.1187731178070.5155688092260.147289528707-0.0122242940837-0.23439105850.393004702501-0.6797730238530.3317553113020.26847809324-0.875006229397-0.0334401587061-0.1466129760190.003053283074180.6087247537340.0545625502586-0.03217701548610.630759906504-0.1654912963650.99222403183917.915157416836.697450474654.5609057293
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 15 )AA1 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 16 through 36 )AA16 - 36
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 37 through 56 )AA37 - 56
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 16 )BB1 - 16
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 17 through 31 )BB17 - 31
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 32 through 41 )BB32 - 41
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 42 through 56 )BB42 - 56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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