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- PDB-8k0o: High resolution structure of Dehydroascorbate Reductase from Cenc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k0o
タイトルHigh resolution structure of Dehydroascorbate Reductase from Cenchrus Americanus in complex with Acetate in the G-site and Glycerol in the H-site
要素Dehydroascorbate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dehydroascorbate reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


ascorbate glutathione cycle / glutathione dehydrogenase (ascorbate) activity / glutathione dehydrogenase (ascorbate) / glutathione transferase activity
類似検索 - 分子機能
Dehydroascorbate reductases DHAR1/2/3/4 / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Dehydroascorbate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Cenchrus americanus (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Khan, W.A. / Arulandu, A.
資金援助 インド, 3件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (DST, India)EMR/2017/005066 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR28766/BRB/10/1701/2018 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR28080/BID/7/836/2018 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: High resolution structure of Dehydroascorbate Reductase from Pennisetum Americanum in complex with Acetate in the G-site and Glycerol in the H-site
著者: Khan, W.A. / Das, B.K. / Arulandu, A.
履歴
登録2023年7月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dehydroascorbate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7663
ポリマ－25,6151
非ポリマー1512
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.389, 70.389, 111.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-565-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Dehydroascorbate reductase


分子量: 25615.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cenchrus americanus (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: U5XYA0
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 100mM SODIUM ACETATE TRIHYDRATE pH 4.6, 2M AMMONIUM SULFATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.85 Å / Num. obs: 26638 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.801→1.833 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1333 / CC1/2: 0.808 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
PDB-REDO精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.81→19.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 5.252 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21888 1223 4.7 %RANDOM
Rwork0.18319 ---
obs0.18489 24837 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.734 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.26 Å20 Å2
3---0.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→19.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1641 0 10 182 1833
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0171710
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161622
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.391.8262323
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5141.5673802
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6955.046218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.22110298
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2261
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021871
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02313
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5742.054850
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5562.052849
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3263.0651061
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3293.0681062
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6732.388860
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.6772.391861
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2433.4291260
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.24328.9031965
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.10626.2191899
LS精密化 シェル解像度: 1.815→1.862 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 91 -
Rwork0.273 1778 -
obs--99.79 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.901 Å / Origin y: 32.02 Å / Origin z: 0.597 Å
111213212223313233
T0.0844 Å20.0252 Å2-0.0105 Å2-0.1201 Å2-0.022 Å2--0.0084 Å2
L2.7179 °21.0761 °2-0.7635 °2-1.7714 °2-0.9191 °2--2.1192 °2
S-0.0997 Å °0.0889 Å °0.0299 Å °-0.064 Å °0.0695 Å °-0.0584 Å °0.0653 Å °0.0136 Å °0.0302 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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