PDB-8k0j: Crystal structure of Cas7f

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8k0j

タイトル

Crystal structure of Cas7f

要素

Csy3

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / DNA binding

機能・相同性

CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy3) / Csy3

機能・相同性情報

生物種

Vibrio phage ICP1_2011_A (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.365 Å

データ登録者

Feng, Y. / Wang, H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Cas7f
著者: Feng, Y. / Wang, H.

履歴

登録	2023年7月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8k0j.cif.gz	129.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8k0j.ent.gz	101 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8k0j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8k0j_validation.pdf.gz	426.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8k0j_full_validation.pdf.gz	431.1 KB	表示
XML形式データ	8k0j_validation.xml.gz	13 KB	表示
CIF形式データ	8k0j_validation.cif.gz	17 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/8k0j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/8k0j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8k0kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Csy3

33.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.516, 100.516, 54.669
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Csy3 / Cas7f 分子量: 33399.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio phage ICP1_2011_A (ファージ) 遺伝子: csy3, ICP12011A_086 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M1Q7R8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 400, Sodium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.365→50 Å / Num. obs: 12986 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.6 % / R_merge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 32.9
反射シェル	解像度: 2.365→2.45 Å / R_merge(I) obs: 0.155 / Num. unique obs: 1284

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.365→36.999 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 23.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2219	635	4.89 %
R_work	0.1925	-	-
obs	0.194	12986	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.365→36.999 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2293	0	0	46	2339

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2332
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.503	3166
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.606	1373
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	365
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	414

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3653-2.5479	0.2553	128	0.2208	2448	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5479-2.8043	0.2607	135	0.2238	2457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8043-3.2098	0.2527	110	0.212	2482	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2098-4.0433	0.1911	124	0.1882	2476	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0433-36.999	0.2119	138	0.169	2488	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 7.3976 Å / Origin y: -33.7622 Å / Origin z: 5.1297 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2368 Å²	0.0073 Å²	-0.1001 Å²	-	0.1871 Å²	-0.0112 Å²	-	-	0.178 Å²
L	3.6314 °²	0.6425 °²	0.3246 °²	-	3.1138 °²	0.9398 °²	-	-	1.5867 °²
S	-0.0064 Å °	0.2916 Å °	-0.8701 Å °	-0.1059 Å °	0.0614 Å °	-0.2048 Å °	0.1317 Å °	0.1015 Å °	-0.1193 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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