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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k0b | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of TMEM63C | ||||||
要素 | Calcium permeable stress-gated cation channel 1 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Mechanosensitive ion channel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 osmolarity-sensing monoatomic cation channel activity / glomerular filtration / calcium-activated cation channel activity / monoatomic cation transport / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å | ||||||
データ登録者 | Qin, Y. / Yu, D. / Dong, J. / Dang, S. | ||||||
資金援助 | 香港, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of TMEM63C suggests it functions as a monomer. 著者: Yuqi Qin / Daqi Yu / Dan Wu / Jiangqing Dong / William Thomas Li / Chang Ye / Kai Chit Cheung / Yingyi Zhang / Yun Xu / YongQiang Wang / Yun Stone Shi / Shangyu Dang / 要旨: The TMEM63 family proteins (A, B, and C), calcium-permeable channels in animals that are preferentially activated by hypo-osmolality, have been implicated in various physiological functions. ...The TMEM63 family proteins (A, B, and C), calcium-permeable channels in animals that are preferentially activated by hypo-osmolality, have been implicated in various physiological functions. Deficiency of these channels would cause many diseases including hearing loss. However, their structures and physiological roles are not yet well understood. In this study, we determine the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the mouse TMEM63C at 3.56 Å, and revealed structural differences compared to TMEM63A, TMEM63B, and the plant orthologues OSCAs. Further structural guided mutagenesis and calcium imaging demonstrated the important roles of the coupling of TM0 and TM6 in channel activity. Additionally, we confirm that TMEM63C exists primarily as a monomer under physiological conditions, in contrast, TMEM63B is a mix of monomer and dimer in cells, suggesting that oligomerization is a regulatory mechanism for TMEM63 proteins. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8k0b.cif.gz | 137.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8k0b.ent.gz | 105 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8k0b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8k0b_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8k0b_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8k0b_validation.xml.gz | 31.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8k0b_validation.cif.gz | 44.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/8k0b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/8k0b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 36759MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 93111.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tmem63c, CSC1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8CBX0 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: TMEM63C / タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 4.5 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 11058 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 8754694 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 258464 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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