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- PDB-8k08: Pq3-O-UGT2 with 20(S)-Ginsenoside Rh2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8k08
タイトルPq3-O-UGT2 with 20(S)-Ginsenoside Rh2
要素Glycosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Glycosytransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate derivative biosynthetic process / UDP-glycosyltransferase activity / terpenoid biosynthetic process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
類似検索 - 分子機能
UDP-glycosyltransferase family, conserved site / UDP-glycosyltransferases signature. / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Glycosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Panax quinquefolius (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Ji, Q.S. / Liu, Y.R. / Mei, K.R.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Adv Sci / 年: 2025
タイトル: Structural Insights into the Substrate Recognition of Ginsenoside Glycosyltransferase Pq3-O-UGT2.
著者: Ji, Q. / Liu, Y. / Zhang, H. / Gao, Y. / Ding, Y. / Ding, Y. / Xie, J. / Zhang, J. / Jin, X. / Lai, B. / Chen, C. / Wang, J. / Gao, W. / Mei, K.
履歴
登録2023年7月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月12日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.22025年4月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyltransferase
B: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,0224
ポリマ－101,7762
非ポリマー1,2462
水00
1
A: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5112
ポリマ－50,8881
非ポリマー6231
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5112
ポリマ－50,8881
非ポリマー6231
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.349, 90.203, 155.873
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glycosyltransferase


分子量: 50888.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Panax quinquefolius (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0M4ME80, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-8YG / Ginsenoside Rh2 / (2R,3S,4S,5R,6R)-2-(hydroxymethyl)-6-[[(3S,5R,8R,9R,10R,12R,13R,14R,17S)-4,4,8,10,14-pentamethyl-17-[(2S)-6-methyl-2-oxidanyl-hept-5-en-2-yl]-12-oxidanyl-2,3,5,6,7,9,11,12,13,15,16,17-dodecahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthren-3-yl]oxy]oxane-3,4,5-triol


分子量: 622.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H62O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.38 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.0 M sodium chloride, 0.2 M sodium citrate, pH 5.2, 25% w/v PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.19→52.26 Å / Num. obs: 16348 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 3.19→3.3 Å / Num. unique obs: 1655 / CC1/2: 0.331

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19_4092: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→52.26 Å / SU ML: 0.71 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3204 573 4.68 %
Rwork0.293 --
obs0.2944 12245 93.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→52.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6241 0 88 0 6329
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036461
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6668754
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2892380
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491002
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051103
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.850.4221200.39022394X-RAY DIFFRACTION79
3.85-4.410.40641410.35143052X-RAY DIFFRACTION99
4.41-5.550.34331480.29413046X-RAY DIFFRACTION99
5.55-52.260.26321640.25253180X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4744-0.3412-0.04773.6574-0.15372.5709-0.44530.4422-0.93780.14860.03870.14670.09080.51160.40070.95030.17550.18910.82080.00480.8469-34.6612-23.834833.3738
22.16541.2012-0.35113.854-1.63972.9240.35380.49550.82440.1772-0.08080.5239-0.01890.1453-0.14540.91850.019-0.01460.76280.0260.7601-34.4604-5.151125.3563
32.0444-1.10660.34442.5319-0.28964.722-0.45380.78650.7005-0.524-0.6634-0.09580.21351.14570.90820.9617-0.145-0.01651.3470.13991.0816-6.399-7.632517.7671
45.59510.7155-0.73883.47060.95682.815-0.72480.5722-0.18860.3720.1232-0.7782-0.06891.19660.61161.09390.0511-0.07461.28990.05850.9919-13.7056-5.077424.4479
53.487-0.1145-1.71791.5891-0.11241.27110.05610.06790.97420.66610.1896-0.4559-0.94660.1613-0.18961.2274-0.1823-0.07141.0132-0.12381.0803-23.85571.140530.0416
64.01740.1294-0.32392.6391.94145.5114-0.6345-0.3621-0.3358-0.21160.07160.4479-0.3892-0.12410.60230.7860.1542-0.0980.7721-0.02080.9017-53.22369.8661-1.2831
73.2271-0.5036-1.35392.44511.20482.1228-0.14490.0347-0.1898-0.04090.063-0.51030.21070.39950.12480.78260.1388-0.09790.79510.1240.8773-38.05161.4881-17.6591
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 128 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 129 through 247 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 248 through 302 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 303 through 369 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 370 through 442 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 8 through 152 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 153 through 442 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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