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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k06 | ||||||
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タイトル | Pseudouridine 5'-monophosphate glycosylase from Arabidopsis thaliana -- PSU, R5P bound K185A mutant | ||||||
要素 | Pseudouridine-5'-phosphate glycosidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / metalloenzyme / glycosylase / C-nucleoside / pseudouridine monophosphate / METAL BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA glycosylase activity / pseudouridylate synthase / pseudouridylate synthase activity / peroxisome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.845 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, J.Y. / Kim, S.H. / Rhee, S.K. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Rna Biol. / 年: 2024 タイトル: Structure and function of the pseudouridine 5'-monophosphate glycosylase PUMY from Arabidopsis thaliana. 著者: Lee, J. / Kim, S.H. / Rhee, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8k06.cif.gz | 197.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8k06.ent.gz | 152.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8k06.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8k06_validation.pdf.gz | 3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8k06_full_validation.pdf.gz | 3.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8k06_validation.xml.gz | 41.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8k06_validation.cif.gz | 60.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/8k06 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/8k06 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8k05C 8k07C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36123.988 Da / 分子数: 3 / 変異: K185A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PUMY, At1g50510, F11F12.14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84K35, pseudouridylate synthase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 糖 | ChemComp-RP5 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.64 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2M Lithium sulfate, 0.1M MES pH 6, 20% (w/v) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2023年5月29日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.845→50 Å / Num. obs: 81648 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.973 / CC star: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rpim(I) all: 0.089 / Rrim(I) all: 0.164 / Χ2: 1.667 / Net I/σ(I): 9.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.845→29.922 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.5 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.845→29.922 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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