PDB-8k03: CryoEM structure of the transketolase ANIP from Streptomyces hygr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8k03

タイトル

CryoEM structure of the transketolase ANIP from Streptomyces hygrospinosus

要素

Putative transketolase

キーワード

TRANSFERASE / transketolase / apo form

機能・相同性

1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase activity / Deoxyxylulose-5-phosphate synthase / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / terpenoid biosynthetic process / Thiamin diphosphate-binding fold / magnesium ion binding / Putative transketolase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces hygrospinosus (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.84 Å

データ登録者

Jiang, W.X. / Ma, L.X. / Xing, Q.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of the transketolase ANIP from Streptomyces hygrospinosus
著者: Jiang, W.X. / Cheng, X.Q. / Wu, M. / Ma, L.X. / Xing, Q.

履歴

登録	2023年7月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8k03.cif.gz	200.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8k03.ent.gz	157 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8k03.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8k03_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8k03_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8k03_validation.xml.gz	51.6 KB	表示
CIF形式データ	8k03_validation.cif.gz	75.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/8k03 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/8k03	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	36756MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative transketolase

B: Putative transketolase

124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	chain "B"
d_2	ens_1	chain "A"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 1 - 581 / Label seq-ID: 1 - 581

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
d_1	B	B
d_2	A	A

#1: タンパク質	Putative transketolase / ANIP 分子量: 62158.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces hygrospinosus (バクテリア) 遺伝子: aniP 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1V0QSW5

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Dimer of the transketolase ANIP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)	生物種: Salmonella (サルモネラ菌)
由来(組換発現)	生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
緩衝液	pH: 7.2
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: DIFFRACTION / 最大デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 39 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 66525 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 100.07 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.0034	8920
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.6256	12162
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.0437	1406
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	1608
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	4.894	1278

Refine LS restraints NCS

タイプ: NCS constraints / Rms dev position: 6.58946215642E-13 Å

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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