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万見
- PDB-8jzo: CryoEM structure of the NADP-dependent malic enzyme MaeB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jzo
タイトルCryoEM structure of the NADP-dependent malic enzyme MaeB
要素NADP-dependent malic enzyme
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Type III secretion system / inositol phosphate phosphatase / bacteria effector
機能・相同性
機能・相同性情報


malolactic enzyme activity / malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP+) / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / oxaloacetate decarboxylase activity / malate metabolic process / acyltransferase activity / NAD binding / manganese ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
NAD(P)-dependent malic enzyme / Malic enzyme, NAD-binding domain, bacterial type / Phosphate acetyltransferase, domain 2 / Phosphate acetyltransferase, domain 1 / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Malic enzyme, conserved site / Malic enzymes signature. / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain ...NAD(P)-dependent malic enzyme / Malic enzyme, NAD-binding domain, bacterial type / Phosphate acetyltransferase, domain 2 / Phosphate acetyltransferase, domain 1 / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Malic enzyme, conserved site / Malic enzymes signature. / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP-dependent malic enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Jiang, W.X. / Cheng, X.Q. / Wu, M. / Ma, L.X. / Xing, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China (973 Program)2021YFC2100100 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of the NADP-dependent malic enzyme in complex with oxaloacetate
著者: Jiang, W.X. / Cheng, X.Q. / Wu, M. / Ma, L.X. / Xing, Q.
履歴
登録2023年7月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADP-dependent malic enzyme
B: NADP-dependent malic enzyme
C: NADP-dependent malic enzyme
D: NADP-dependent malic enzyme
E: NADP-dependent malic enzyme
F: NADP-dependent malic enzyme


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)495,0446
ポリマ－495,0446
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "C"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "A"
d_4ens_1chain "D"
d_5ens_1chain "E"
d_6ens_1chain "F"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 1 - 759 / Label seq-ID: 1 - 759

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1CC
d_2BB
d_3AA
d_4DD
d_5EE
d_6FF

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.764936670419, -0.644094605792, -0.00374553570375), (-0.644105413525, -0.764920692303, -0.00495487181191), (0.000326368442886, 0.00620268296949, -0.999980709918)93.3682654826, 256.369319724, 73.2594140908
2given(-0.501270454569, 0.865262884972, 0.00693334445881), (-0.86528084449, -0.501286845948, 0.000747153969125), (0.00412207897447, -0.00562476393872, 0.999975684952)75.0976288079, 253.080232512, 0.173636141904
3given(0.169703043673, 0.985438404926, 0.0105842839186), (0.985488772931, -0.169653219126, -0.00544643611109), (-0.00357146947492, 0.0113549697565, -0.999929152124)-12.078479945, 14.0298799631, 73.2545362398
4given(-0.498044476003, -0.867122873809, -0.0070442629615), (0.867129760933, -0.498073067863, 0.00303261842615), (-0.00613821046892, -0.00459791120278, 0.99997059036)256.848813655, 60.7790844983, 0.957664302389
5given(-0.939465750631, -0.342554084386, 0.00779760615749), (-0.342494467007, 0.939485394319, 0.00804573992216), (-0.0100818381679, 0.00488806013052, -0.999937229734)249.824460891, 43.9308442075, 74.3167746307

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要素

#1: タンパク質
NADP-dependent malic enzyme / NADP-ME


分子量: 82507.266 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: maeB, ypfF, b2463, JW2447
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P76558, malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP+)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: NADP-dependent malic enzyme / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 39 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 108061 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 155.02 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003835310
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.588947904
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04555562
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00496300
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.88844884
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2CCELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.041797325748
ens_1d_3CCELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0417948235331
ens_1d_4CCELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000707051411184
ens_1d_5CCELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000707879292648
ens_1d_6CCELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.0417993318485

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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