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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jzk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of glutathione S-transferase Tau7 from Salix lindleyana in complex with GSH | ||||||
![]() | glutathione transferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / glutathione $-transferase / Tau class / GSH | ||||||
機能・相同性 | ![]() response to chemical / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xu, N. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of glutathione S-transferase Tau7 from Salix lindleyana in complex with GSH 著者: Xu, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 70.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 41.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25755.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Sequence reference for Salix lindleyana is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id A0A5N5L538. 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A5N5L538 |
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#2: 化合物 | ChemComp-GSH / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.36 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M BIS-TRIS propane pH 9.0, 8% w/v Polyethylene glycol 20000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979183 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.55004430946→29.3401515991 Å / Num. obs: 10186 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 25.969849838 Å2 / CC1/2: 0.978 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.233 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.55004430946→2.55004430946 Å / Num. unique obs: 724 / CC1/2: 0.978 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.5274376791 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.55004430946→29.3401515991 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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