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万見
- PDB-8jzj: E.coli Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase structure under c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jzj
タイトルE.coli Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase structure under cryoprotect condition of ammonium sulfate
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Glycolysis / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Jang, K. / Hlaing, S.H.S. / Kim, H.G. / Kim, N. / Choe, H.W. / Kim, Y.J.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2021R1I1A3060013 韓国
引用ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2023
タイトル: Strategy to Select an Appropriate Cryoprotectant for an X-ray Study of Escherichia coli GAPDH Crystals
著者: Hlaing, S.H.S. / Jang, K. / Kim, H.G. / Kim, N. / Lee, K.J. / Choe, H.W. / Park, J.H. / Kim, Y.J.
履歴
登録2023年7月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5422
ポリマ－35,4461
非ポリマー961
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.971, 121.971, 155.134
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-513-

HOH

21A-728-

HOH

31A-759-

HOH

41A-764-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase


分子量: 35446.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: gapA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3T6W2
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 2.7 M ammonium sulfate, 0.1 M MES / PH範囲: 5.6 - 6.4

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2022年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→47.94 Å / Num. obs: 39834 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 29.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.053 / Χ2: 0.99 / Net I/av σ(I): 30.1 / Net I/σ(I): 30.1
反射 シェル解像度: 1.99→2.05 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 8.4 / Num. unique obs: 2880 / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.283 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.99→39.33 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2038 2023 5.08 %0.2033
Rwork0.1755 ---
obs0.1769 39810 99.36 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→39.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2484 0 5 266 2755
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082530
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9753427
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.296349
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062401
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01441
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.040.2471450.20922627X-RAY DIFFRACTION98
2.04-2.10.21251360.18342702X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.160.20491360.17042671X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.230.1921270.16482703X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.310.19211500.17032674X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.40.23491390.17512692X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.510.19021500.18952676X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.640.21111530.18212701X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.810.20911320.18282719X-RAY DIFFRACTION100
2.81-3.030.22891500.20212701X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.330.18771530.18582722X-RAY DIFFRACTION100
3.33-3.810.2141470.15952734X-RAY DIFFRACTION100
3.81-4.80.17091490.14262759X-RAY DIFFRACTION100
4.8-39.330.22121560.1972706X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 41.922 Å / Origin y: -1.8586 Å / Origin z: 24.2317 Å
111213212223313233
T0.2254 Å20.0117 Å2-0.0688 Å2-0.2043 Å2-0.0076 Å2--0.251 Å2
L0.6592 °20.5209 °2-0.0908 °2-0.681 °2-0.0546 °2--0.3558 °2
S-0.1032 Å °0.111 Å °0.1925 Å °-0.1511 Å °0.0401 Å °0.2852 Å °-0.0242 Å °-0.0678 Å °-0.0136 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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