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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jzg | ||||||
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タイトル | C. glutamicum S-adenosylmethionine synthase co-crystallized with Adenosine, triphosphate, and SAM | ||||||
要素 | S-adenosylmethionine synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / S-adenosylmethionine synthase / complex / SAM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å | ||||||
データ登録者 | Lee, S. / Kim, K.J. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2023 タイトル: Structural and Biochemical Studies on Product Inhibition of S-Adenosylmethionine Synthetase from Corynebacterium glutamicum . 著者: Lee, S. / Kim, S. / Kim, I.K. / Kim, K.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jzg.cif.gz | 318.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jzg.ent.gz | 256.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jzg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8jzg_validation.pdf.gz | 9.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8jzg_full_validation.pdf.gz | 9.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8jzg_validation.xml.gz | 61.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8jzg_validation.cif.gz | 83.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/8jzg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/8jzg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8jzhC 8jziC 3tdeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 44225.434 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: His-tag: LEHHHHHH (410-417) invisible region chain A : 102 -125 invisible region chain B : 103 -126 invisible region chain C : 102 -126 invisible region chain D : 103 -125 由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア) 株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025 遺伝子: metK, Cgl1603, cg1806 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K5E4, methionine adenosyltransferase |
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-非ポリマー , 8種, 310分子
#2: 化合物 | ChemComp-ADN / #3: 化合物 | ChemComp-3PO / #4: 化合物 | ChemComp-SAM / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-POP / | #7: 化合物 | ChemComp-MG / #8: 化合物 | ChemComp-K / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Sodium phosphate monobasic monohydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2022年10月22日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.39→50 Å / Num. obs: 62235 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.093 / Χ2: 1.888 / Net I/σ(I): 11.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3TDE 解像度: 2.39→32.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 11.18 / SU ML: 0.248 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.511 / ESU R Free: 0.292 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.026 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.39→32.63 Å
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拘束条件 |
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