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万見
- PDB-8jzf: PSI-AcpPCI supercomplex from Symbiodinium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jzf
タイトルPSI-AcpPCI supercomplex from Symbiodinium
要素
  • (Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I- ...) x 12
  • (Photosystem I ...) x 13
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosysrem I / Dinoflagellate
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem I / photosynthesis / membrane
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chlorophyll c1 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PERIDININ / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chlorophyll c1 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PERIDININ / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Chem-SQD / : / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Symbiodinium (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Li, X.Y. / Li, Z.H. / Wang, W.D.
資金援助 中国, 9件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences2019YFA0906300 中国
Chinese Academy of Sciences2021YFA1300403 中国
Chinese Academy of SciencesXDA26050402 中国
Chinese Academy of SciencesXDB17000000 中国
Chinese Academy of Sciences2020081 中国
Chinese Academy of SciencesJCTD-2020-06 中国
Chinese Academy of SciencesYSBR-004 中国
Chinese Academy of Sciences31970260 中国
Chinese Academy of Sciences32222007 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Structures and organizations of PSI-AcpPCI supercomplexes from red tidal and coral symbiotic photosynthetic dinoflagellates.
著者: Xiaoyi Li / Zhenhua Li / Fangfang Wang / Songhao Zhao / Caizhe Xu / Zhiyuan Mao / Jialin Duan / Yue Feng / Yang Yang / Lili Shen / Guanglei Wang / Yanyan Yang / Long-Jiang Yu / Min Sang / ...著者: Xiaoyi Li / Zhenhua Li / Fangfang Wang / Songhao Zhao / Caizhe Xu / Zhiyuan Mao / Jialin Duan / Yue Feng / Yang Yang / Lili Shen / Guanglei Wang / Yanyan Yang / Long-Jiang Yu / Min Sang / Guangye Han / Xuchu Wang / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Wenda Wang /
要旨: Marine photosynthetic dinoflagellates are a group of successful phytoplankton that can form red tides in the ocean and also symbiosis with corals. These features are closely related to the ...Marine photosynthetic dinoflagellates are a group of successful phytoplankton that can form red tides in the ocean and also symbiosis with corals. These features are closely related to the photosynthetic properties of dinoflagellates. We report here three structures of photosystem I (PSI)-chlorophylls (Chls) /-peridinin protein complex (PSI-AcpPCI) from two species of dinoflagellates by single-particle cryoelectron microscopy. The crucial PsaA/B subunits of a red tidal dinoflagellate are remarkably smaller and hence losing over 20 pigment-binding sites, whereas its PsaD/F/I/J/L/M/R subunits are larger and coordinate some additional pigment sites compared to other eukaryotic photosynthetic organisms, which may compensate for the smaller PsaA/B subunits. Similar modifications are observed in a coral symbiotic dinoflagellate species, where two additional core proteins and fewer AcpPCIs are identified in the PSI-AcpPCI supercomplex. The antenna proteins AcpPCIs in dinoflagellates developed some loops and pigment sites as a result to accommodate the changed PSI core, therefore the structures of PSI-AcpPCI supercomplex of dinoflagellates reveal an unusual protein assembly pattern. A huge pigment network comprising Chls and and various carotenoids is revealed from the structural analysis, which provides the basis for our deeper understanding of the energy transfer and dissipation within the PSI-AcpPCI supercomplex, as well as the evolution of photosynthetic organisms.
履歴
登録2023年7月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-7, acpPCI-7
K: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-6, acpPCI-6
z: Photosystem I unk
y: Photosystem I unk
G: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-8, acpPCI-8
A: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-10, acpPCI-10
c: Photosystem I PsaC
d: Photosystem I PsaD
e: Photosystem I PsaE
f: Photosystem I PsaF
h: Photosystem I PsaR
i: Photosystem I PsaI
j: Photosystem I PsaJ
l: Photosystem I PsaL
m: Photosystem I PsaM
a: Photosystem I PsaA
b: Photosystem I PsaB
B: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-11, acpPCI-11
D: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-9, acpPCI-9
F: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-2, acpPCI-2
H: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-12, acpPCI-12
J: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-3, acpPCI-3
L: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-5, acpPCI-5
M: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-4, acpPCI-4
N: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-13, acpPCI-13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)793,318335
ポリマ－548,83225
非ポリマー244,487310
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I- ... , 12種, 12分子 IKGABDFHJLMN

#1: タンパク質 Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-7, acpPCI-7


分子量: 21839.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium (真核生物)
#2: タンパク質 Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-6, acpPCI-6


分子量: 19596.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium (真核生物)
#5: タンパク質 Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-8, acpPCI-8


分子量: 24560.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium (真核生物)
#6: タンパク質 Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-10, acpPCI-10


分子量: 20093.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium (真核生物)
#18: タンパク質 Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-11, acpPCI-11


分子量: 21264.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium (真核生物)
#19: タンパク質 Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-9, acpPCI-9


分子量: 17493.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium (真核生物)
#20: タンパク質 Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-2, acpPCI-2


分子量: 19335.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium (真核生物)
#21: タンパク質 Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-12, acpPCI-12


分子量: 17109.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium (真核生物)
#22: タンパク質 Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-3, acpPCI-3


分子量: 22912.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium (真核生物)
#23: タンパク質 Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-5, acpPCI-5


分子量: 20585.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium (真核生物)
#24: タンパク質 Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-4, acpPCI-4


分子量: 19381.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium (真核生物)
#25: タンパク質 Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-13, acpPCI-13


分子量: 17119.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium (真核生物)

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Photosystem I ... , 13種, 13分子 zycdefhijlmab

#3: タンパク質 Photosystem I unk


分子量: 6656.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium (真核生物)
#4: タンパク質 Photosystem I unk


分子量: 11166.757 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium (真核生物)
#7: タンパク質 Photosystem I PsaC


分子量: 9425.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium (真核生物)
#8: タンパク質 Photosystem I PsaD


分子量: 24878.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium (真核生物)
#9: タンパク質 Photosystem I PsaE


分子量: 8266.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium (真核生物)
#10: タンパク質 Photosystem I PsaF


分子量: 20609.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium (真核生物)
#11: タンパク質 Photosystem I PsaR


分子量: 15221.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium (真核生物) / 参照: UniProt: A0A812Q823
#12: タンパク質 Photosystem I PsaI


分子量: 13699.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium (真核生物) / 参照: UniProt: A0A812IJ75
#13: タンパク質 Photosystem I PsaJ


分子量: 11153.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium (真核生物) / 参照: UniProt: A0A812LLR4
#14: タンパク質 Photosystem I PsaL


分子量: 27708.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium (真核生物)
#15: タンパク質 Photosystem I PsaM


分子量: 8527.976 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium (真核生物) / 参照: UniProt: A0A812M556
#16: タンパク質 Photosystem I PsaA


分子量: 75785.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium (真核生物)
#17: タンパク質 Photosystem I PsaB


分子量: 74438.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Symbiodinium (真核生物)

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糖 , 1種, 7分子

#30: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 11種, 303分子

#26: 化合物...
ChemComp-DD6 / (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol / Diadinoxanthin


分子量: 582.855 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#27: 化合物
ChemComp-UIX / [(1~{S},5~{R})-3,3,5-trimethyl-5-oxidanyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenylidene]cyclohexyl] ethanoate / Dinoxanthin


分子量: 642.907 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H58O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#28: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#29: 化合物
ChemComp-KC1 / Chlorophyll c1


分子量: 610.941 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H30MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#31: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#32: 化合物
ChemComp-PID / PERIDININ


分子量: 630.810 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H50O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#33: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#34: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#35: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#36: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#37: 化合物 ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PSI-AcpPCI supercomplex from Symbiodinium / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#25 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Symbiodinium (真核生物)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 216895 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00555002
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.06578463
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.14117372
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0497056
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00510256

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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