PDB-8jzd: Crystal structure of Escherichia coli NarJ in complex with the si...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jzd

タイトル

Crystal structure of Escherichia coli NarJ in complex with the signal peptide of E. coli NarG

要素

Nitrate reductase molybdenum cofactor assembly chaperone NarJ
Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain

キーワード

CHAPERONE / redox enzyme maturation protein / NarJ subfamily / signal peptide

機能・相同性

機能・相同性情報

nitrate reductase (quinone) / NarGHI complex / nitrate reductase (quinone) activity / nitrate metabolic process / metallochaperone activity / nitrate reductase activity / anaerobic electron transport chain / molybdopterin cofactor binding / anaerobic respiration / chaperone-mediated protein complex assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Song, W.S. / Kim, J.H. / Namgung, B. / Cho, H.Y. / Oh, H.B. / Yoon, S.I.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Complementary hydrophobic interaction of the redox enzyme maturation protein NarJ with the signal peptide of the respiratory nitrate reductase NarG.
著者: Song, W.S. / Kim, J.H. / Namgung, B. / Cho, H.Y. / Shin, H. / Oh, H.B. / Ha, N.C. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2023年7月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jzd.cif.gz	179.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jzd.ent.gz	120.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jzd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jzd_validation.pdf.gz	451.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jzd_full_validation.pdf.gz	453.6 KB	表示
XML形式データ	8jzd_validation.xml.gz	13.6 KB	表示
CIF形式データ	8jzd_validation.cif.gz	17.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/8jzd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/8jzd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jzcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (8) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Nitrate reductase molybdenum cofactor assembly chaperone NarJ

B: Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain

C: Nitrate reductase molybdenum cofactor assembly chaperone NarJ

D: Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain

47.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nitrate reductase molybdenum cofactor assembly chaperone NarJ

B: Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
23.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Nitrate reductase molybdenum cofactor assembly chaperone NarJ

D: Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	185.443, 185.443, 37.943
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3
Space group name Hall	R3
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x+1/3,y+2/3,z+2/3 #5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3 #6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3 #7: x+2/3,y+1/3,z+1/3 #8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3 #9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 1 through 67 or (resid 68...
d_2	ens_1	(chain "C" and (resid 1 or (resid 2 and (name...

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth seq-ID: 1 - 166 / Label seq-ID: 1 - 166

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
d_1	A	A
d_2	C	C

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.484383861145, 0.874280994641, 0.0317020105334), (-0.859790785871, 0.482426023097, -0.167406501579), (-0.161654197576, 0.0538319110657, 0.985378123239)ベクター: - ...

#1: タンパク質	Nitrate reductase molybdenum cofactor assembly chaperone NarJ / Redox enzyme maturation protein NarJ 分子量: 21781.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: narJ, b1226, JW1217 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AF26
#2: タンパク質・ペプチド	Respiratory nitrate reductase 1 alpha chain / Nitrate reductase A subunit alpha / Quinol-nitrate oxidoreductase subunit alpha 分子量: 1956.337 Da / 分子数: 2 / Fragment: signal peptide / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P09152, nitrate reductase (quinone)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.49 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 8000, Tris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→30 Å / Num. obs: 17555 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 52.97 Å² / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 31.3
反射シェル	解像度: 2.45→2.49 Å / R_merge(I) obs: 0.617 / Num. unique obs: 871

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in-house model

解像度: 2.45→28.88 Å / SU ML: 0.3492 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 36.6935
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2531	848	4.84 %
R_work	0.2081	16662	-
obs	0.2103	17510	97.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 76.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→28.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2719	0	0	0	2719

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0074	2775
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9696	3779
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0499	440
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0081	490
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.1883	973

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.461118709957 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.45-2.6	0.3671	145	0.3348	2754	X-RAY DIFFRACTION	97.84
2.6-2.8	0.3534	130	0.2828	2804	X-RAY DIFFRACTION	98.89
2.8-3.09	0.364	133	0.2999	2848	X-RAY DIFFRACTION	98.77
3.09-3.53	0.3071	148	0.2349	2760	X-RAY DIFFRACTION	98.01
3.53-4.45	0.2202	139	0.186	2781	X-RAY DIFFRACTION	97.95
4.45-28.88	0.1973	153	0.1572	2715	X-RAY DIFFRACTION	96.08

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.30835989675	0.985080576094	0.269914739596	4.69451955107	-2.1976254572	3.46835132173	0.0754820480106	0.812797037217	-0.0416175543564	-0.116023568136	0.136810006665	-0.137858646864	0.16727466123	-0.296941065053	-0.175839507823	0.357181387834	0.0483712809575	0.135101590685	0.386655785698	0.0264320043405	0.712837096237	13.3439607823	73.7156605303	25.9951729668
2	8.55188270171	-1.13460174789	1.82583744932	3.31129903856	0.925643664642	4.06950193659	-0.0123463562798	0.414274641083	0.998855107412	-0.231231663278	-0.19794855088	0.192860351661	-0.402374827732	-0.380436908883	0.225262620528	0.405992064776	0.081350125527	0.0885460162163	0.511062274474	0.0630295065309	0.737099038333	-1.16920530082	83.6562044174	26.3829022791
3	3.81133282882	-1.82074685902	4.02890667697	1.68639713607	-2.41307404087	4.54780240681	0.901888250716	3.17630661277	0.0733981012281	-1.84875831618	-0.044140956876	-0.0226854904819	-0.00922325646564	-1.10332019984	-0.381843630957	0.962231886294	0.163486942855	0.185564900869	1.3120946116	0.0331450160593	0.497607094681	10.2919077482	71.9221537147	13.2816973618
4	7.33377364518	0.100148245041	3.25879681559	5.76460376738	-0.756788514377	2.96772857946	-0.0606024598116	1.28086676742	-0.125712793811	0.611643059604	-0.407637287167	1.27791357571	0.131031578889	0.206079368945	0.358815161378	0.648860210469	0.153752617401	0.152121220538	1.04512595088	0.0413635591909	0.755043137684	-0.405687070368	74.0031424141	14.0829715172
5	5.64438297055	0.0995006224137	-2.95505502816	4.99760327506	-1.30529849434	2.86946134351	0.0890220440367	0.264797174016	-0.0135445029205	-0.293022011576	-0.0657225187139	-0.546250633804	-0.102934442892	0.0427137532028	-0.062274949534	0.502467458185	0.048352701712	0.197178755386	0.417094882046	0.0256962041787	0.996124009454	39.8920198979	79.6128769598	20.46584902
6	3.27984277845	-4.29077525581	0.207711025206	9.31727383628	1.77796015886	2.86737890348	-0.0425492466415	0.141257980565	0.6875488428	-0.51837681963	-0.0410497471671	-1.15997602315	-0.614814321134	0.0282366765936	0.0209365591803	0.608046584785	-0.00917156320786	0.0946032589698	0.493395700739	0.0386878195413	1.19931796008	41.5136780935	96.687721099	24.2857262354
7	5.7229488471	0.604304275646	3.35255864123	3.34810338949	3.27552205991	4.58232192615	0.764914347168	0.279660365783	0.825332431641	-2.74399871319	-1.41522769856	0.774440720453	-2.08310025488	-0.932543425629	0.247017654916	1.02799358437	0.0834099093246	0.122051818469	0.690849552402	0.192446060627	0.734068300185	34.2231148566	88.9288607023	11.3535309335

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 65 )	A	A	1 - 65	1 - 65
2	2	chain 'A' and (resid 66 through 166 )	A	A	66 - 166	66 - 166
3	3	chain 'B' and (resid 2 through 6 )	B	B	2 - 6	1 - 5
4	4	chain 'B' and (resid 7 through 14 )	B	B	7 - 14	6 - 13
5	5	chain 'C' and (resid 1 through 65 )	C	C	1 - 65	1 - 65
6	6	chain 'C' and (resid 66 through 166 )	C	C	66 - 166	66 - 166
7	7	chain 'D' and (resid 3 through 12 )	D	D	3 - 12	1 - 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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