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- PDB-8jyt: Ancestral imine reducatase N560 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jyt
タイトルAncestral imine reducatase N560
要素ancestra imine reductase
キーワードDE NOVO PROTEIN / ancestral sequence reconstruction / imine reductase
機能・相同性NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Zhu, X.X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21878085 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of ancestral imine reductase N560.
著者: Zhu, X.X. / Zheng, G.W.
履歴
登録2023年7月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ancestra imine reductase
B: ancestra imine reductase
C: ancestra imine reductase
D: ancestra imine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,5548
ポリマ－125,5814
非ポリマー2,9744
水6,143341
1
A: ancestra imine reductase
C: ancestra imine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2774
ポリマ－62,7902
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10170 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area20760 Å2
手法PISA
2
B: ancestra imine reductase
ヘテロ分子

D: ancestra imine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2774
ポリマ－62,7902
非ポリマー1,4872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area10220 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area20820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.900, 68.570, 84.240
Angle α, β, γ (deg.)76.25, 67.75, 60.92
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
ancestra imine reductase


分子量: 31395.188 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.47 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Calcium chloride dihydrate, sodium acetate, MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 77.36 K / Ambient temp details: -196 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→32.99 Å / Num. obs: 110068 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.038 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 15.8 / Num. measured all: 387555
反射 シェル解像度: 1.79→1.84 Å / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.625 / Num. measured all: 25409 / Num. unique obs: 7994 / CC1/2: 0.823 / Rpim(I) all: 0.42 / Rrim(I) all: 0.758 / Χ2: 0.86 / Net I/σ(I) obs: 1.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDS0.7.7 : 23/04/21データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.79→27.79 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 32.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 2017 1.83 %
Rwork0.2064 --
obs0.2066 109969 96.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→27.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8399 0 192 341 8932
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2131313
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0171577
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.79-1.830.40181510.38977572X-RAY DIFFRACTION95
1.83-1.880.44151430.35947647X-RAY DIFFRACTION96
1.88-1.940.36321450.31937623X-RAY DIFFRACTION96
1.94-20.3321350.29227721X-RAY DIFFRACTION96
2-2.070.29731430.26827701X-RAY DIFFRACTION96
2.07-2.160.25581400.24517750X-RAY DIFFRACTION97
2.16-2.260.25871510.23667666X-RAY DIFFRACTION97
2.26-2.370.281540.23047765X-RAY DIFFRACTION97
2.37-2.520.24751420.2267691X-RAY DIFFRACTION97
2.52-2.720.2591430.22537763X-RAY DIFFRACTION97
2.72-2.990.2521390.22337781X-RAY DIFFRACTION97
2.99-3.420.23261480.20917784X-RAY DIFFRACTION98
3.42-4.310.18651390.17627823X-RAY DIFFRACTION98
4.31-27.790.15651440.16117665X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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