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万見
- PDB-8jyi: Crystal structure of engineered HIV-1 Reverse Transcriptase RNase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jyi
タイトルCrystal structure of engineered HIV-1 Reverse Transcriptase RNase H domain complexed with laccaic acid E
要素Pol protein,Pol protein,Ribonuclease H
キーワードVIRAL PROTEIN / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA integration / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / peptidase activity / DNA recombination / nucleic acid binding / aspartic-type endopeptidase activity / symbiont entry into host cell / proteolysis ...DNA integration / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / peptidase activity / DNA recombination / nucleic acid binding / aspartic-type endopeptidase activity / symbiont entry into host cell / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-V9O / Pol protein / Pol protein
類似検索 - 構成要素
生物種HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Ito, Y. / Lu, H. / Kitajima, M. / Ishikawa, H. / Nakata, Y. / Iwatani, Y. / Hoshino, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Nat.Prod. / 年: 2023
タイトル: Sticklac-Derived Natural Compounds Inhibiting RNase H Activity of HIV-1 Reverse Transcriptase.
著者: Ito, Y. / Lu, H. / Kitajima, M. / Ishikawa, H. / Nakata, Y. / Iwatani, Y. / Hoshino, T.
履歴
登録2023年7月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pol protein,Pol protein,Ribonuclease H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5686
ポリマ－16,8321
非ポリマー7365
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.693, 61.693, 83.234
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Pol protein,Pol protein,Ribonuclease H


分子量: 16832.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: pol, rnhA, ERS008198_04809, ERS008207_01536
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A059PIR4, UniProt: A0A1D9J5E8, ribonuclease H
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-V9O / 7-[5-(2-azanylethyl)-2-oxidanyl-phenyl]-3,5,6,8-tetrakis(oxidanyl)-9,10-bis(oxidanylidene)anthracene-1,2-dicarboxylic acid / ラッカイン酸E


分子量: 495.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H17NO11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 0.1M MES, 26%(v/v) PEG6000, 0.01 M Zinc Sulfate, 0.001 M MANGANESE CHLORIDE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月27日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→43.62 Å / Num. obs: 12860 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 21.5 / Num. measured all: 163286
反射 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.985 / Num. measured all: 10472 / Num. unique obs: 835 / CC1/2: 0.664 / Rpim(I) all: 0.287 / Rrim(I) all: 1.027 / Net I/σ(I) obs: 1.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.92→43.62 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 26.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2527 1234 10.03 %
Rwork0.2165 --
obs0.22 12300 95.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→43.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1135 0 40 26 1201
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.173
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.671159
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043181
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005201
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.92-20.31191220.30161075X-RAY DIFFRACTION86
2-2.090.3531260.27471115X-RAY DIFFRACTION89
2.09-2.20.25061340.24861203X-RAY DIFFRACTION96
2.2-2.340.31731310.24831195X-RAY DIFFRACTION96
2.34-2.520.32441390.25961244X-RAY DIFFRACTION98
2.52-2.770.27531400.25341253X-RAY DIFFRACTION98
2.77-3.170.36581430.24481281X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.990.23741450.20481305X-RAY DIFFRACTION100
4-43.620.19771540.18551395X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.0384 Å / Origin y: 14.3033 Å / Origin z: 14.878 Å
111213212223313233
T0.3271 Å20.0038 Å2-0.0261 Å2-0.214 Å20.0445 Å2--0.3187 Å2
L1.9958 °2-0.2979 °20.0859 °2-4.3845 °21.2383 °2--3.4347 °2
S-0.0086 Å °0.0822 Å °-0.1557 Å °0.0468 Å °-0.0148 Å °-0.1337 Å °0.153 Å °-0.1755 Å °0.0005 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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