PDB-8jxz: Chitin binding SusD-like protein AqSusD in complex with (GlcNAc)3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jxz

タイトル

Chitin binding SusD-like protein AqSusD in complex with (GlcNAc)3

要素

SusD-like protein AqSusD

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / SusD-like protein

機能・相同性

triacetyl-beta-chitotriose

機能・相同性情報

生物種

Aquimarina (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Yang, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Structural insights of a SusD-like protein in marine Bacteroidetes bacteria reveal the molecular basis for chitin recognition and acquisition.
著者: Yang, J. / Zhang, L. / Lin, S. / Li, W. / Liu, C. / Yan, J. / Li, S. / Long, L.

履歴

登録	2023年7月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jxz.cif.gz	121 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jxz.ent.gz	89.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jxz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jxz_validation.pdf.gz	779.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jxz_full_validation.pdf.gz	782.3 KB	表示
XML形式データ	8jxz_validation.xml.gz	22.9 KB	表示
CIF形式データ	8jxz_validation.cif.gz	34.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/8jxz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/8jxz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8j0pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SusD-like protein AqSusD

ヘテロ分子

58.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.417, 64.465, 105.274
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.38, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-863- HOH
2	1	A-885- HOH

#1: タンパク質

SusD-like protein AqSusD

分子量: 58166.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Aquimarina (バクテリア) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 627.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: oligosaccharide / 参照: triacetyl-beta-chitotriose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 20% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→19.33 Å / Num. obs: 25384 / % possible obs: 90.37 % / 冗長度: 2.4 % / CC_1/2: 0.898 / Net I/σ(I): 10.12
反射シェル	解像度: 2.2→2.279 Å / Num. unique obs: 2159 / CC_1/2: 0.903

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
CrysalisPro		データ削減
CrysalisPro		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→19.33 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2398	1995	7.86 %
R_work	0.186	-	-
obs	0.1901	25381	90.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3880	0	43	374	4297

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4022
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.888	5488
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.05	532
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	601
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	721

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.25	0.3199	116	0.1962	1395	X-RAY DIFFRACTION	77
2.25-2.32	0.2485	137	0.1885	1489	X-RAY DIFFRACTION	81
2.32-2.38	0.2666	120	0.1752	1496	X-RAY DIFFRACTION	81
2.38-2.46	0.2977	132	0.1909	1511	X-RAY DIFFRACTION	83
2.46-2.55	0.2274	132	0.1912	1550	X-RAY DIFFRACTION	85
2.55-2.65	0.2581	143	0.1947	1611	X-RAY DIFFRACTION	87
2.65-2.77	0.2659	137	0.2026	1659	X-RAY DIFFRACTION	90
2.77-2.92	0.2502	144	0.1983	1727	X-RAY DIFFRACTION	93
2.92-3.1	0.2361	142	0.2039	1789	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1-3.34	0.2455	159	0.1943	1804	X-RAY DIFFRACTION	99
3.34-3.67	0.2343	157	0.1926	1838	X-RAY DIFFRACTION	99
3.67-4.2	0.2122	159	0.1649	1822	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2-5.27	0.2172	155	0.1582	1855	X-RAY DIFFRACTION	99
5.27-19.33	0.2092	162	0.1904	1840	X-RAY DIFFRACTION	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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