PDB-8jxk: Crystal Structure of Rv0047c from Mycobacterium tuberculosis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jxk

タイトル

Crystal Structure of Rv0047c from Mycobacterium tuberculosis

要素

Conserved protein

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Transcription regulation / winged helix turn helix motif / Antibiotic resistance

機能・相同性

Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Conserved protein

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 3.15 Å

データ登録者

Ansari, M.S. / Yadav, V. / Zohib, M. / Pal, R.K. / Biswal, B.K. / Arora, A.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Rv0047c from Mycobacterium tuberculosis
著者: Ansari, M.S. / Yadav, V. / Zohib, M. / Pal, R.K. / Biswal, B.K. / Arora, A.

履歴

登録	2023年6月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jxk.cif.gz	325.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jxk.ent.gz	255.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jxk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jxk_validation.pdf.gz	473.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jxk_full_validation.pdf.gz	483.3 KB	表示
XML形式データ	8jxk_validation.xml.gz	32 KB	表示
CIF形式データ	8jxk_validation.cif.gz	44.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/8jxk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/8jxk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Conserved protein

B: Conserved protein

C: Conserved protein

D: Conserved protein

E: Conserved protein

F: Conserved protein

124 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Conserved protein

F: Conserved protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Size Exclusion Chromatography was done
41.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Conserved protein

D: Conserved protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Conserved protein

E: Conserved protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.170, 102.170, 191.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains A B
2	1	Chains A C
3	1	Chains A D
4	1	Chains A E
5	1	Chains A F
6	1	Chains B C
7	1	Chains B D
8	1	Chains B E
9	1	Chains B F
10	1	Chains C D
11	1	Chains C E
12	1	Chains C F
13	1	Chains D E
14	1	Chains D F
15	1	Chains E F

#1: タンパク質	Conserved protein 分子量: 20717.521 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: Rv0047c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P71704
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.11 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Sodium Acetate, 1.8M Sodium Formate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年5月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.6934
pseudo-merohedral	2	2	-K, -H, -L	2	0.3066

反射

解像度: 3.15→30.08 Å / Num. obs: 17786 / % possible obs: 90.7 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 22.1

反射シェル

解像度: 3.15→3.37 Å / Num. unique obs: 3098 / CC_1/2: 0.94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
Aimless		データスケーリング
iMOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.15→30.076 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / WR_factor R_free: 0.235 / WR_factor R_work: 0.193 / SU B: 55.131 / SU ML: 0.464 / Average fsc free: 0.9402 / Average fsc work: 0.9631 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.111 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2526	856	4.827 %
R_work	0.2042	16879	-
all	0.207	-	-
obs	-	17735	90.457 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 68.163 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	24.963 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	24.963 Å²	0 Å²
3-	-	-	-49.926 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.15→30.076 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6549	0	0	12	6561

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	6631
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.534	1.638	8975
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.835	5	915
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.464	19.67	333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.736	15	883
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.429	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	909
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5184
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	2996
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.297	0.2	4660
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	197
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.287	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.306	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.829	5.158	3720
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.539	7.726	4615
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.98	5.071	2911
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.642	7.597	4360
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.101	95.45	27137
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.159	0.05	3489
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.118	0.05	4120
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.12	0.05	4166
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.114	0.05	3919
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.133	0.05	3542
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.15	0.05	3625
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.16	0.05	3627
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.155	0.05	3540
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.159	0.05	3405
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.129	0.05	4279
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.115	0.05	3979
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.123	0.05	3655
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.116	0.05	4102
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.125	0.05	3685
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.118	0.05	3613

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.15-3.232	0.347	49	0.223	1183	X-RAY DIFFRACTION	86.2141
3.232-3.32	0.41	59	0.233	1179	X-RAY DIFFRACTION	87.553
3.32-3.416	0.271	66	0.218	1178	X-RAY DIFFRACTION	89.4321
3.416-3.521	0.239	52	0.194	771	X-RAY DIFFRACTION	62.0196
3.521-3.637	0.251	53	0.206	1156	X-RAY DIFFRACTION	93.6483

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0692	1.3577	-1.3685	2.3504	-0.094	2.3621	0.0811	-0.1288	0.1965	0.0243	0.0296	0.4765	0.0276	-0.0166	-0.1107	0.1566	0.0514	-0.0493	0.1451	-0.0314	0.1291	4.1822	-16.0694	-3.8628
2	1.6643	0.6953	-0.6679	2.8081	-0.1253	1.8377	0.0034	-0.1479	-0.3952	0.1848	0.0781	0.3682	0.2798	0.0593	-0.0815	0.2563	0.0802	-0.0841	0.3082	-0.0581	0.3176	12.1079	-67.3586	1.5034
3	1.7219	-0.6174	-0.7098	3.6302	-0.8246	2.0443	0.2287	0.0618	-0.4912	0.0427	-0.09	0.2446	0.1868	0.2892	-0.1387	0.2197	0.0356	-0.1245	0.2254	-0.0464	0.2247	15.1595	-54.3672	34.184
4	2.3938	-0.6091	0.7792	1.5922	0.1782	1.3717	-0.0662	0.0103	-0.2763	0.0778	0.2659	0.3543	-0.0929	-0.0593	-0.1997	0.2028	0.0499	-0.0079	0.203	0.0222	0.1477	4.9883	-46.0906	1.2091
5	2.8483	1.0335	0.8869	1.4937	0.6418	1.5296	0.1513	0.1547	-0.3181	-0.1311	0.02	0.2163	-0.0184	-0.1164	-0.1713	0.3402	0.0501	0.0675	0.1944	0.068	0.2417	-5.6222	-45.6801	33.1293
6	3.6941	-0.6265	0.6033	1.416	1.1416	2.1989	0.0726	0.0502	0.0101	-0.1397	-0.0497	0.3023	-0.3965	-0.4169	-0.023	0.3742	0.0973	0.0669	0.2542	0.1155	0.1712	52.6631	-71.5897	28.6982

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	0 - 172
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	1 - 172
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	0 - 173
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	-1 - 173
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	E	0 - 172
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	F	0 - 173

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)