+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8jxk | ||||||
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Title | Crystal Structure of Rv0047c from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
Components | Conserved protein | ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / Transcription regulation / winged helix turn helix motif / Antibiotic resistance | ||||||
Function / homology | Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Conserved protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.15 Å | ||||||
Authors | Ansari, M.S. / Yadav, V. / Zohib, M. / Pal, R.K. / Biswal, B.K. / Arora, A. | ||||||
Funding support | India, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of Rv0047c from Mycobacterium tuberculosis Authors: Ansari, M.S. / Yadav, V. / Zohib, M. / Pal, R.K. / Biswal, B.K. / Arora, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8jxk.cif.gz | 325.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8jxk.ent.gz | 255.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8jxk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8jxk_validation.pdf.gz | 473.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8jxk_full_validation.pdf.gz | 483.3 KB | Display | |
Data in XML | 8jxk_validation.xml.gz | 32 KB | Display | |
Data in CIF | 8jxk_validation.cif.gz | 44.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/8jxk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/8jxk | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
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-Components
#1: Protein | Mass: 20717.521 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) Gene: Rv0047c / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P71704 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.11 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1M Sodium Acetate, 1.8M Sodium Formate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / Wavelength: 1.54178 Å | ||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: May 8, 2019 | ||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54178 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||
Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 3.15→30.08 Å / Num. obs: 17786 / % possible obs: 90.7 % / Redundancy: 12.9 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 22.1 | ||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 3.15→3.37 Å / Num. unique obs: 3098 / CC1/2: 0.94 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.15→30.076 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / WRfactor Rfree: 0.235 / WRfactor Rwork: 0.193 / SU B: 55.131 / SU ML: 0.464 / Average fsc free: 0.9402 / Average fsc work: 0.9631 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.111 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 68.163 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.15→30.076 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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