PDB-8jww: top segment of the bacteriophage M13 mini variant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jww

タイトル

top segment of the bacteriophage M13 mini variant

要素

Capsid protein G8P
Tail virion protein G7P
Tail virion protein G9P

キーワード

VIRAL PROTEIN / M13

機能・相同性

機能・相同性情報

helical viral capsid / host cell membrane / virion component / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage M13 (ファージ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Xiang, Y. / Jia, Q.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of a bacteriophage M13 mini variant
著者: Xiang, Y. / Jia, Q.

履歴

登録	2023年6月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年1月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jww.cif.gz	236.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jww.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jww.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jww_validation.pdf.gz	458.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jww_full_validation.pdf.gz	462 KB	表示
XML形式データ	8jww_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	8jww_validation.cif.gz	34.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/8jww ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/8jww	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	35795M 8jwxC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

Z: Capsid protein G8P

B: Capsid protein G8P

C: Capsid protein G8P

D: Tail virion protein G9P

E: Capsid protein G8P

F: Tail virion protein G7P

H: Capsid protein G8P

A: Capsid protein G8P

G: Capsid protein G8P

I: Capsid protein G8P

J: Tail virion protein G9P

K: Capsid protein G8P

L: Tail virion protein G7P

M: Capsid protein G8P

N: Capsid protein G8P

O: Capsid protein G8P

P: Capsid protein G8P

Q: Tail virion protein G9P

R: Capsid protein G8P

S: Tail virion protein G7P

T: Capsid protein G8P

V: Capsid protein G8P

W: Capsid protein G8P

X: Capsid protein G8P

Y: Tail virion protein G9P

AA: Capsid protein G8P

BA: Tail virion protein G7P

CA: Capsid protein G8P

DA: Capsid protein G8P

EA: Capsid protein G8P

FA: Capsid protein G8P

GA: Tail virion protein G9P

HA: Capsid protein G8P

IA: Tail virion protein G7P

JA: Capsid protein G8P

167 kDa, 35 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質・ペプチド	... Capsid protein G8P / Coat protein B / Gene 8 protein / G8P / M13 procoat / Major coat protein 分子量: 5243.014 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage M13 (ファージ) 遺伝子: VIII / 発現宿主: Escherichia (バクテリア) / 参照: UniProt: P69541
#2: タンパク質・ペプチド	Tail virion protein G9P / Coat protein C / polypeptide II / G9P 分子量: 3655.270 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage M13 (ファージ) 遺伝子: IX / 発現宿主: Escherichia (バクテリア) / 参照: UniProt: P69538
#3: タンパク質・ペプチド	Tail virion protein G7P / Coat protein C / polypeptide I / Gene 7 protein / G7P 分子量: 3603.215 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage M13 (ファージ) 遺伝子: VII / 発現宿主: Escherichia (バクテリア) / 参照: UniProt: P69535

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: top segment of the bacteriophage M13 mini variant / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Enterobacteria phage M13 (ファージ)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 1700 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影	電子線照射量: 40 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

CTF補正	タイプ: NONE
対称性	点対称性: C₅ (5回回転対称)
3次元再構成	解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 20910 / 対称性のタイプ: POINT

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)