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万見
- PDB-8jw3: The crystal structure of the viral terpene synthase from Orpheovi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jw3
タイトルThe crystal structure of the viral terpene synthase from Orpheovirus IHUMI-LCC2
要素Terpenoid synthase
キーワードLYASE / Terpene synthase
機能・相同性Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Isoprenoid synthase domain superfamily / Terpenoid synthase
機能・相同性情報
生物種Orpheovirus IHUMI-LCC2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Jung, Y. / Mitsuhashi, T. / Senda, M. / Sato, S. / Senda, T. / Fujita, M.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101001 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19H05461 日本
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: Function and Structure of a Terpene Synthase Encoded in a Giant Virus Genome.
著者: Jung, Y. / Mitsuhashi, T. / Sato, S. / Senda, M. / Senda, T. / Fujita, M.
履歴
登録2023年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Terpenoid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0014
ポリマ－37,7131
非ポリマー2883
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.442, 46.763, 69.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.341, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Terpenoid synthase


分子量: 37712.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Orpheovirus IHUMI-LCC2 (ウイルス)
遺伝子: ORPV_882 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2I2L5I9
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.61 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M Citric acid buffer pH 4.5, 1.3 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→42.48 Å / Num. obs: 57694 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 17.06 Å2 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 1.45→1.47 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2840 / Rpim(I) all: 0.366

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Se substituted OILTS

解像度: 1.45→42.48 Å / SU ML: 0.1473 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.4693
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1929 2912 5.05 %
Rwork0.1768 54766 -
obs0.1776 57678 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→42.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2229 0 15 222 2466
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00552315
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83813157
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0716331
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0089400
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.509306
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.470.28961210.25122612X-RAY DIFFRACTION99.74
1.47-1.50.25481270.22722602X-RAY DIFFRACTION99.78
1.5-1.530.23511340.22492579X-RAY DIFFRACTION99.89
1.53-1.560.25831240.20922614X-RAY DIFFRACTION99.67
1.56-1.590.22651390.20752593X-RAY DIFFRACTION99.71
1.59-1.620.22711350.1982608X-RAY DIFFRACTION99.85
1.62-1.660.22441410.18452579X-RAY DIFFRACTION99.13
1.66-1.70.2121440.17882596X-RAY DIFFRACTION99.85
1.7-1.750.20531430.18182560X-RAY DIFFRACTION99.89
1.75-1.80.24471240.1782648X-RAY DIFFRACTION99.96
1.8-1.860.18481320.17242612X-RAY DIFFRACTION99.93
1.86-1.920.21281510.17862602X-RAY DIFFRACTION99.96
1.92-20.19581350.17832577X-RAY DIFFRACTION99.96
2-2.090.13171600.16572595X-RAY DIFFRACTION99.93
2.09-2.20.19261430.16792611X-RAY DIFFRACTION99.75
2.2-2.340.18271390.17692601X-RAY DIFFRACTION99.35
2.34-2.520.19251520.1742589X-RAY DIFFRACTION99.89
2.52-2.770.21741380.18492638X-RAY DIFFRACTION99.93
2.77-3.170.16831540.18182599X-RAY DIFFRACTION99.82
3.17-40.19141550.16412637X-RAY DIFFRACTION99.64
4-42.480.1811210.16552714X-RAY DIFFRACTION98.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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