PDB-8jv3: Structure of the SAR11 PotD in complex with glycine betaine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jv3

タイトル

Structure of the SAR11 PotD in complex with glycine betaine

要素

Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / PotD / substrate binding protein / solute-binding protein / periplasmic binding protein / ABC transporter system receptor / osmolyte / compatible solute / betaine / DMSP / GABA / amino acid / SAR11 / Candidatus Pelagibacter sp. HTCC7211

機能・相同性

Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / periplasmic space / TRIMETHYL GLYCINE / Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein

機能・相同性情報

生物種

Pelagibacter sp.

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.41 Å

データ登録者

Ma, Q. / Liu, C.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the SAR11 PotD in complex with glycine betaine
著者: Ma, Q. / Liu, C.

履歴

登録	2023年6月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jv3.cif.gz	172.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jv3.ent.gz	133.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jv3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/8jv3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/8jv3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

40.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.027, 78.271, 79.772
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein 分子量: 39442.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pelagibacter sp. (strain HTCC7211) (バクテリア) 遺伝子: potD, PB7211_697 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle T7 / 参照: UniProt: B6BQH5

-
非ポリマー , 5種, 426分子

#2: 化合物	ChemComp-BET / TRIMETHYL GLYCINE / ベタイン分子量: 118.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: The protein was crystallized in drops containing 1 ul protein solution (60 mg/ml protein in buffer containing 10 mM HEPES, 150 mM NaCl, pH7.5) and 1 ul reservoir solution (100 mM MES pH 6.5, 22% w/v mPEG 550).

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.41→55.869 Å / Num. obs: 85121 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.076 / R_sym value: 0.073 / Net I/σ(I): 21.9
反射シェル	解像度: 1.41→1.434 Å / 冗長度: 11.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4225 / CC_1/2: 0.783 / R_pim(I) all: 0.336 / R_rim(I) all: 1.15 / R_sym value: 1.099 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS	Jan 10, 2022 (BUILT 20220820)	データ削減
Aimless	0.5.29	データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.41→26.313 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 12.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1485	4361	5.12 %	random
R_work	0.1255	-	-	-
obs	0.1266	85105	99.99 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.41→26.313 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2767	0	57	420	3244

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2914
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.021	3946
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.808	1065
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	399
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	506

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.41-1.4256	0.2108	124	0.1753	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4256-1.4424	0.1989	147	0.1734	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4424-1.46	0.2097	145	0.1579	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.46-1.4785	0.1747	132	0.1452	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4785-1.4979	0.1714	149	0.1397	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4979-1.5184	0.1643	148	0.1316	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5184-1.5401	0.1708	156	0.1257	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5401-1.5631	0.1724	157	0.1191	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5631-1.5875	0.158	151	0.1173	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5875-1.6135	0.1647	128	0.1036	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6135-1.6414	0.145	161	0.1027	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6414-1.6712	0.1411	150	0.1063	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6712-1.7033	0.1508	153	0.1018	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7033-1.7381	0.1289	155	0.1052	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7381-1.7759	0.1293	167	0.1027	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7759-1.8172	0.1334	138	0.1007	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8172-1.8626	0.1381	138	0.1043	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8626-1.913	0.1366	155	0.1119	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.913-1.9692	0.158	108	0.1154	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9692-2.0328	0.1499	153	0.1204	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0328-2.1054	0.1613	165	0.1214	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1054-2.1897	0.1355	129	0.1197	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1897-2.2893	0.1382	154	0.1157	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2893-2.4099	0.1557	157	0.1148	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4099-2.5608	0.1323	140	0.1189	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5608-2.7583	0.1651	151	0.1274	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7583-3.0355	0.1687	146	0.1353	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0355-3.4739	0.1632	149	0.1453	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4739-4.3735	0.12	123	0.1313	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3735-26.313	0.1369	132	0.1334	2917	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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