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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jv2 | ||||||
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タイトル | Structure of the SAR11 PotD in complex with proline | ||||||
![]() | Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / PotD / substrate binding protein / solute-binding protein / periplasmic binding protein / ABC transporter system receptor / osmolyte / compatible solute / betaine / DMSP / GABA / amino acid / SAR11 / Candidatus Pelagibacter sp. HTCC7211 | ||||||
機能・相同性 | Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / periplasmic space / PROLINE / Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein![]() | ||||||
生物種 | Pelagibacter sp. | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ma, Q. / Liu, C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the SAR11 PotD in complex with proline 著者: Ma, Q. / Liu, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 173.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 134.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 750.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 750.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 39442.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: potD, PB7211_697 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 440分子 ![](data/chem/img/PRO.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-PRO / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.32 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: The protein in complex with L-proline was crystallized in drops containing 1 ul protein solution (60 mg/ml protein in buffer containing 10 mM HEPES, 150 mM NaCl, 50 mM L-proline, pH 7.5) and ...詳細: The protein in complex with L-proline was crystallized in drops containing 1 ul protein solution (60 mg/ml protein in buffer containing 10 mM HEPES, 150 mM NaCl, 50 mM L-proline, pH 7.5) and 1 ul reservoir solution (100 mM MES pH 6.5, 20% w/v mPEG 550). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97853 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→55.733 Å / Num. obs: 104876 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 12.4 % / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.011 / Rrim(I) all: 0.041 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 31.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.322 Å / 冗長度: 7.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 4306 / CC1/2: 0.874 / Rpim(I) all: 0.157 / Rrim(I) all: 0.457 / Rsym value: 0.426 / % possible all: 81 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→26.235 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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