PDB-8jv1: Structure of the SAR11 PotD in complex with GABA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jv1

タイトル

Structure of the SAR11 PotD in complex with GABA

要素

Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / PotD / substrate binding protein / solute-binding protein / periplasmic binding protein / ABC transporter system receptor / osmolyte / compatible solute / betaine / DMSP / GABA / amino acid / SAR11 / Candidatus Pelagibacter sp. HTCC7211

機能・相同性

Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / periplasmic space / GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein

機能・相同性情報

生物種

Pelagibacter sp.

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.309 Å

データ登録者

Ma, Q. / Liu, C.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the SAR11 PotD in complex with GABA
著者: Ma, Q. / Liu, C.

履歴

登録	2023年6月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jv1.cif.gz	173.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jv1.ent.gz	133.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jv1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jv1_validation.pdf.gz	683.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jv1_full_validation.pdf.gz	683.8 KB	表示
XML形式データ	8jv1_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	8jv1_validation.cif.gz	29.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/8jv1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/8jv1	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein

ヘテロ分子

40.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.005, 78.348, 79.725
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein 分子量: 39442.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pelagibacter sp. (strain HTCC7211) (バクテリア) 遺伝子: potD, PB7211_697 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle T7 / 参照: UniProt: B6BQH5

-
非ポリマー , 6種, 430分子

#2: 化合物	ChemComp-ABU / GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GAMMA(AMINO)-BUTYRIC ACID / GABA 分子量: 103.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₉NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: The protein in complex with GABA was crystallized in drops containing 1 ul protein solution (60 mg/ml protein in buffer containing 10 mM HEPES, 150 mM NaCl, 50 mM GABA, pH 7.5) and 1 ul ...詳細: The protein in complex with GABA was crystallized in drops containing 1 ul protein solution (60 mg/ml protein in buffer containing 10 mM HEPES, 150 mM NaCl, 50 mM GABA, pH 7.5) and 1 ul reservoir solution (100 mM MES pH 6.5, 20% w/v mPEG 550).

結晶

マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.72 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: The protein in complex with GABA was crystallized in drops containing 1 ul protein solution (60 mg/ml protein in buffer containing 10 mM HEPES, 150 mM NaCl, 50 mM GABA, pH 7.5) and 1 ul ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.309→55.881 Å / Num. obs: 105074 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 12.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.014 / R_rim(I) all: 0.049 / R_sym value: 0.047 / Net I/σ(I): 25.8
反射シェル	解像度: 1.309→1.332 Å / 冗長度: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4870 / CC_1/2: 0.839 / R_pim(I) all: 0.248 / R_rim(I) all: 0.698 / R_sym value: 0.648 / % possible all: 92.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS	Jan 10, 2022 (BUILT 20220820)	データ削減
Aimless	0.5.29	データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.309→27.94 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 11.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.138	5228	4.98 %	random
R_work	0.1225	-	-	-
obs	0.1233	105053	99.17 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.309→27.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2767	0	57	423	3247

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2907
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.01	3935
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.064	1061
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	399
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	505

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3092-1.3241	0.1876	108	0.1745	3074	X-RAY DIFFRACTION	92
1.3241-1.3397	0.2168	165	0.1635	3139	X-RAY DIFFRACTION	95
1.3397-1.356	0.162	175	0.1467	3202	X-RAY DIFFRACTION	97
1.356-1.3732	0.1843	181	0.1362	3246	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3732-1.3912	0.1717	175	0.1281	3205	X-RAY DIFFRACTION	98
1.3912-1.4103	0.1491	201	0.1199	3265	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4103-1.4304	0.1313	198	0.1163	3288	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4304-1.4518	0.121	178	0.1051	3339	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4518-1.4745	0.1248	153	0.1001	3296	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4745-1.4986	0.1279	185	0.0981	3317	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4986-1.5245	0.1402	186	0.0987	3296	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5245-1.5522	0.1319	155	0.097	3361	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5522-1.582	0.1326	180	0.0975	3311	X-RAY DIFFRACTION	100
1.582-1.6143	0.1236	186	0.0973	3315	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6143-1.6494	0.1284	171	0.0962	3337	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6494-1.6878	0.1367	165	0.0937	3350	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6878-1.73	0.1268	152	0.0958	3342	X-RAY DIFFRACTION	100
1.73-1.7768	0.121	161	0.1039	3388	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7768-1.829	0.1326	164	0.1069	3366	X-RAY DIFFRACTION	100
1.829-1.8881	0.1226	181	0.1103	3337	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8881-1.9555	0.1471	162	0.1185	3347	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9555-2.0338	0.1431	162	0.1149	3373	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0338-2.1263	0.1362	174	0.1176	3380	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1263-2.2384	0.1227	166	0.1142	3378	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2384-2.3786	0.1248	207	0.1168	3334	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3786-2.5621	0.1328	176	0.1206	3391	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5621-2.8197	0.135	171	0.1279	3412	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8197-3.2272	0.1577	183	0.1411	3410	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2272-4.064	0.1464	191	0.1402	3448	X-RAY DIFFRACTION	100
4.064-27.94	0.1331	216	0.132	3578	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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