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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jus | ||||||
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タイトル | Crystal structure of aspartate semialdehyde dehydrogenase from Porphyromonas gingivalis complexed with 2',5'adenosine diphosphate | ||||||
![]() | Aspartate-semialdehyde dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Aspartate semialdehyde dehydrogenase | ||||||
機能・相同性 | ADENOSINE-2'-5'-DIPHOSPHATE / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hwang, J. / Do, H. / Lee, J.H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Aspartate Semialdehyde Dehydrogenase from Porphyromonas gingivalis. 著者: Hwang, J. / Do, H. / Shim, Y.S. / Lee, J.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 153.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 117.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8juoC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37299.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: aspartate semialdehyde dehydrogenase complexed with 2',5'-adenosine diphosphate. Two C-terminal residues have weak electron density map. 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: asd, PGIN_13-1_01585 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A1R4DY25, aspartate-semialdehyde dehydrogenase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.61 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5, 25% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.73→28.77 Å / Num. obs: 68236 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 16.54 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 29.89 |
反射 シェル | 解像度: 1.73→1.79 Å / 冗長度: 13.4 % / Mean I/σ(I) obs: 7.46 / Num. unique obs: 6742 / CC1/2: 0.98 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.73→28.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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