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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jun | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SIDT1 E555Q mutant | ||||||
![]() | SID1 transmembrane family member 1 | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / SID-1 transmembrane family member 1 / CREST family / phospholipase D / RNA uptake | ||||||
機能・相同性 | ![]() RNA transmembrane transporter activity / RNA transport / cholesterol binding / double-stranded RNA binding / lysosome / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.38 Å | ||||||
![]() | Sun, C.R. / Xu, D. / Li, Q. / Zhou, C.Z. / Chen, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Human SIDT1 mediates dsRNA uptake via its phospholipase activity. 著者: Cai-Rong Sun / Da Xu / Fengrui Yang / Zhuanghao Hou / Yuyao Luo / Chen-Yu Zhang / Ge Shan / Guangming Huang / Xuebiao Yao / Yuxing Chen / Qiong Li / Cong-Zhao Zhou / ![]() | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 254.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 202.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 36662MC ![]() 8julC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 93922.266 Da / 分子数: 2 / 変異: E555Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of SIDT1 E555Q mutant / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: LAB6 / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16-3549 / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1098736 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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