PDB-8jun: Cryo-EM structure of SIDT1 E555Q mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jun

タイトル

Cryo-EM structure of SIDT1 E555Q mutant

要素

SID1 transmembrane family member 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / SID-1 transmembrane family member 1 / CREST family / phospholipase D / RNA uptake

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA transmembrane transporter activity / RNA transport / cholesterol binding / double-stranded RNA binding / lysosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Sun, C.R. / Xu, D. / Li, Q. / Zhou, C.Z. / Chen, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Cell Res / 年: 2024
タイトル: Human SIDT1 mediates dsRNA uptake via its phospholipase activity.
著者: Cai-Rong Sun / Da Xu / Fengrui Yang / Zhuanghao Hou / Yuyao Luo / Chen-Yu Zhang / Ge Shan / Guangming Huang / Xuebiao Yao / Yuxing Chen / Qiong Li / Cong-Zhao Zhou /

履歴

登録	2023年6月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jun.cif.gz	254.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jun.ent.gz	202.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jun.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/8jun ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/8jun	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	36662MC 36661C 8julC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SID1 transmembrane family member 1

B: SID1 transmembrane family member 1

ヘテロ分子

189 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	SID1 transmembrane family member 1 分子量: 93922.266 Da / 分子数: 2 / 変異: E555Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIDT1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NXL6
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-POV / (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / POPC 分子量: 760.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₈₂NO₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Cryo-EM structure of SIDT1 E555Q mutant / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 7.5
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: LAB6 / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.16-3549 / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 2.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1098736 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.006	11394
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.736	15472
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	14.132	6660
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.046	1732
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	1918

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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