PDB-8juk: Crystal structure of Adenosine triphosphate phosphoribosyltransfe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8juk

タイトル

Crystal structure of Adenosine triphosphate phosphoribosyltransferase from Acinetobacter baumannii at 2.18 A resolution

要素

ATP phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / HisG / ATPPRT / PRT / Histidine biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP phosphoribosyltransferase / ATP phosphoribosyltransferase activity / L-histidine biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.181 Å

データ登録者

Ahmad, N. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Adenosine triphosphate phosphoribosyltransferase from Acinetobacter baumannii at 2.18 A resolution
著者: Ahmad, N. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2023年6月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月23日	Group: Data collection カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_planes Item: _pdbx_validate_planes.type

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8juk.cif.gz	109.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8juk.ent.gz	80.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8juk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8juk_validation.pdf.gz	447.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8juk_full_validation.pdf.gz	450.8 KB	表示
XML形式データ	8juk_validation.xml.gz	20.6 KB	表示
CIF形式データ	8juk_validation.cif.gz	29.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/8juk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/8juk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATP phosphoribosyltransferase

B: ATP phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

50.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.476, 79.203, 97.777
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ATP phosphoribosyltransferase / ATP-PRT / ATP-PRTase 分子量: 25113.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: hisG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: V5VGC6, ATP phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.44 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: Sodium acetate trihydrate; Sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→97.78 Å / Num. obs: 29519 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 2.18→2.25 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2500 / CC_1/2: 0.74 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.181→57.769 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 8.037 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.201 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2466	1499	5.087 %
R_work	0.1845	27966	-
all	0.188	-	-
obs	-	29465	99.564 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.607 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.529 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.233 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.761 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.181→57.769 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3518	0	10	248	3776

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	3572
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3621
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.251	1.65	4822
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.4	1.573	8328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.3	5	452
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	14.979	5	24
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.204	10	678
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.383	10	148
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.055	0.2	573
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4126
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	750
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	651
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.208	0.2	3335
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	1718
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	2059
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.239	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.218	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.129	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.236	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.217	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.161	6.697	1815
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.157	6.698	1815
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.42	12.017	2264
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.419	12.02	2265
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.279	7.463	1757
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.278	7.469	1758
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.454	13.382	2558
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.452	13.387	2559
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.048	80.87	14614
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.067	80.639	14388

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.181-2.238	0.347	130	0.327	1993	0.328	2151	0.894	0.894	98.6983	0.308
2.238-2.299	0.305	111	0.298	1972	0.298	2091	0.917	0.915	99.6174	0.275
2.299-2.365	0.323	113	0.282	1912	0.284	2037	0.914	0.932	99.4109	0.257
2.365-2.438	0.351	96	0.275	1877	0.279	1981	0.931	0.943	99.5962	0.252
2.438-2.518	0.35	92	0.266	1836	0.27	1937	0.9	0.948	99.5354	0.241
2.518-2.606	0.287	88	0.234	1752	0.237	1852	0.94	0.962	99.3521	0.208
2.606-2.704	0.301	74	0.22	1713	0.223	1797	0.931	0.969	99.4435	0.194
2.704-2.814	0.282	92	0.216	1654	0.219	1752	0.951	0.969	99.6575	0.19
2.814-2.939	0.272	75	0.213	1593	0.216	1672	0.948	0.97	99.7608	0.19
2.939-3.082	0.29	96	0.212	1490	0.217	1591	0.948	0.971	99.6857	0.196
3.082-3.249	0.251	89	0.203	1437	0.205	1530	0.956	0.973	99.7386	0.185
3.249-3.445	0.269	66	0.209	1394	0.212	1462	0.953	0.976	99.8632	0.2
3.445-3.682	0.278	62	0.186	1294	0.19	1357	0.953	0.981	99.9263	0.181
3.682-3.976	0.189	59	0.168	1224	0.169	1285	0.975	0.984	99.8444	0.165
3.976-4.353	0.236	56	0.156	1117	0.16	1174	0.968	0.984	99.9148	0.16
4.353-4.863	0.224	65	0.138	1013	0.144	1081	0.967	0.988	99.7225	0.147
4.863-5.609	0.27	48	0.163	906	0.168	955	0.962	0.986	99.8953	0.171
5.609-6.853	0.207	42	0.166	773	0.168	816	0.97	0.984	99.8775	0.175
6.853-9.625	0.172	29	0.128	635	0.13	666	0.98	0.99	99.6997	0.145
9.625-57.769	0.169	16	0.159	381	0.159	401	0.981	0.985	99.0025	0.2

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関連情報:EMDBヘッダ

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