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- PDB-8ju9: Molecular mechanism of the one-component regulator RccR on bacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ju9
タイトルMolecular mechanism of the one-component regulator RccR on bacterial metabolism and virulence
要素Probable transcriptional regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / One-component systems / KDPG-binding
機能・相同性2-KETO-DEOXY-GALACTOSE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Rui, B. / Yibo, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)81871615 中国
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanism of the one-component regulator RccR on bacterial metabolism and virulence.
著者: Zhu, Y. / Mou, X. / Song, Y. / Zhang, Q. / Sun, B. / Liu, H. / Tang, H. / Bao, R.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Molecular mechanism of the one-component regulator RccR on bacterial metabolism and virulence
著者: Rui, B. / Yibo, Z.
履歴
登録2023年6月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8545
ポリマ－30,2061
非ポリマー6494
水1,67593
1
A: Probable transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: Probable transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: Probable transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: Probable transcriptional regulator
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, All proteins were analyzed in the Superose 6 10/300 GL column (GE Healthcare). And the peak position of the tetramer was between the Albumin Bovine V(66KDa) and Bovine IgG(155KDa).
  • 123 kDa, 4 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,41720
ポリマ－120,8234
非ポリマー2,59416
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation3
Buried area23410 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area39640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.319, 82.855, 138.622
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-843-

HOH

21A-859-

HOH

31A-875-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Probable transcriptional regulator


分子量: 30205.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: PA5438 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物 ChemComp-KDP / 2-KETO-DEOXY-GALACTOSE / 2-ケト-2,3-ジデオキシ-6-O-ホスホノ-D-ガラクトン酸


分子量: 258.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-PG5 / 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / トリグライム


分子量: 178.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris (pH 8.0), 8%PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→27.66 Å / Num. obs: 29112 / % possible obs: 98.97 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 32.79 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 25.28
反射 シェル解像度: 2→2.071 Å / Num. unique obs: 2760 / CC1/2: 0.858

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000v1.0データ削減
HKL-2000v1.0データスケーリング
PHENIX1.13_2998位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→27.66 Å / SU ML: 0.1856 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.2898 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2003 1997 6.87 %
Rwork0.1751 27051 -
obs0.1765 29048 98.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→27.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2141 0 16 93 2250
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012188
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22072954
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0575353
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074376
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.04771328
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.0710.31811330.2851804X-RAY DIFFRACTION93.64
2.05-2.110.24551360.24551846X-RAY DIFFRACTION96.26
2.11-2.170.25621420.21631932X-RAY DIFFRACTION99.23
2.17-2.240.25141420.1921918X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.320.25341410.17691917X-RAY DIFFRACTION99.71
2.32-2.410.2421440.17791946X-RAY DIFFRACTION99.81
2.41-2.520.19131410.17671913X-RAY DIFFRACTION99.81
2.52-2.650.22591430.17911920X-RAY DIFFRACTION99.47
2.65-2.820.23861440.18231942X-RAY DIFFRACTION99.95
2.82-3.040.24691420.19151937X-RAY DIFFRACTION99.86
3.04-3.340.21631450.19461950X-RAY DIFFRACTION99.81
3.34-3.820.18791450.17161973X-RAY DIFFRACTION99.95
3.82-4.810.15051460.13551983X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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