PDB-8ju4: Crystal structure of 3-ketosteroid delta1-dehydrogenase from Rhod...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ju4

タイトル

Crystal structure of 3-ketosteroid delta1-dehydrogenase from Rhodococcus erythropolis SQ1 in complex with 1,4-androstadiene-3,17- dione

要素

3-ketosteroid dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 3-ketosteroid delta1-dehydrogenase / Rhodococcus erythropolis SQ1 / 1 / 4-androstadiene-3 / 17- dione

機能・相同性

機能・相同性情報

3-oxosteroid 1-dehydrogenase / 3-oxosteroid 1-dehydrogenase activity / steroid metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus electrodiphilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Hu, Y.L. / Li, X. / Cheng, X.Y. / Song, S.K. / Su, Z.D.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of 3-ketosteroid delta1-dehydrogenase from Rhodococcus erythropolis SQ1 in complex with 1,4-androstadiene-3,17- dione
著者: Song, S.K. / Hu, Y.L. / Su, Z.D.

履歴

登録	2023年6月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ju4.cif.gz	190.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ju4.ent.gz	151 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ju4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ju4_validation.pdf.gz	975.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ju4_full_validation.pdf.gz	987.2 KB	表示
XML形式データ	8ju4_validation.xml.gz	20.1 KB	表示
CIF形式データ	8ju4_validation.cif.gz	27.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/8ju4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/8ju4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8kczC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: 3-ketosteroid dehydrogenase

ヘテロ分子

55.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.890, 118.890, 118.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	151
Space group name H-M	P3₁12

#1: タンパク質	3-ketosteroid dehydrogenase / 3-oxosteroid 1-dehydrogenase 分子量: 54651.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodococcus electrodiphilus (バクテリア) 遺伝子: kstD1, BS297_24040, rerp_49010, RERY_47440 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RA02, 3-oxosteroid 1-dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ANB / ANDROSTA-1,4-DIENE-3,17-DIONE 分子量: 284.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.22 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M BIS-TRIS ph 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→29.705 Å / Num. obs: 42707 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.6 % / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 19.2
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / R_merge(I) obs: 1.584 / Num. unique obs: 3135

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→29.705 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / WR_factor R_free: 0.215 / WR_factor R_work: 0.182 / Average fsc free: 0.8971 / Average fsc work: 0.9073 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.162 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2229	2164	5.071 %
R_work	0.1917	40509	-
all	0.193	-	-
obs	-	42673	99.92 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.403 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.172 Å²	0.586 Å²	-0 Å²
2-	-	1.172 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.802 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.705 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3842	0	74	4	3920

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	4000
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.037	0.017	3588
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.716	1.641	5450
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.459	1.574	8314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.874	5	522
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.846	22.304	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.741	15	581
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.129	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	517
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4666
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.012	0.02	835
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	766
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.227	0.2	3274
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	1965
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1794
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.35	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.332	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.035	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.688	5.531	2091
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.669	5.528	2090
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.975	8.292	2612
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.974	8.295	2613
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.623	6.024	1909
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.622	6.023	1910
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.034	8.805	2838
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.033	8.805	2839
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.369	65.085	4245
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.368	65.086	4246

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.3-2.36	0.312	167	0.286	2930	0.287	3097	0.82	0.825	100	0.275
2.36-2.424	0.295	161	0.279	2912	0.28	3076	0.843	0.851	99.9025	0.262
2.424-2.494	0.325	144	0.279	2801	0.282	2945	0.809	0.845	100	0.26
2.494-2.57	0.326	138	0.264	2728	0.267	2866	0.839	0.852	100	0.241
2.57-2.653	0.341	149	0.26	2641	0.264	2791	0.853	0.872	99.9642	0.231
2.653-2.746	0.259	117	0.242	2591	0.243	2708	0.899	0.891	100	0.214
2.746-2.848	0.273	135	0.242	2478	0.243	2613	0.88	0.9	100	0.212
2.848-2.964	0.268	118	0.226	2394	0.228	2515	0.912	0.919	99.8807	0.204
2.964-3.094	0.269	119	0.224	2279	0.226	2398	0.91	0.921	100	0.204
3.094-3.243	0.238	108	0.217	2200	0.218	2311	0.92	0.936	99.8702	0.204
3.243-3.416	0.231	118	0.205	2078	0.206	2196	0.934	0.936	100	0.193
3.416-3.621	0.23	127	0.206	1947	0.207	2074	0.933	0.94	100	0.196
3.621-3.866	0.207	123	0.174	1848	0.176	1971	0.957	0.964	100	0.17
3.866-4.17	0.159	91	0.144	1733	0.145	1824	0.975	0.972	100	0.144
4.17-4.559	0.181	93	0.137	1624	0.139	1717	0.966	0.974	100	0.14
4.559-5.083	0.169	80	0.144	1449	0.145	1529	0.971	0.971	100	0.15
5.083-5.841	0.235	54	0.174	1303	0.176	1357	0.938	0.96	100	0.18
5.841-7.085	0.222	57	0.178	1124	0.18	1181	0.948	0.963	100	0.185
7.085-9.746	0.134	39	0.142	893	0.142	932	0.975	0.976	100	0.162
9.746-29.705	0.242	26	0.22	556	0.221	582	0.947	0.953	100	0.245

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関連情報:EMDBヘッダ

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