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- PDB-8ju3: Mu phage tail fiber -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ju3
タイトルMu phage tail fiber
要素Tail fiber protein S,Tail fiber protein S'
キーワードVIRAL PROTEIN / bacteriophage
機能・相同性
機能・相同性情報


viral tropism switching / virus tail, fiber / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage lambda, Tail fiber protein, repeat-2 / Phage tail fibre repeat / : / Long-tail fiber proximal subunit, C-terminal, trimerization domain / : / Bacteriophage T7, Gp17, C-terminal / Tail fibre protein gp37 C terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Tail fiber protein S' / Tail fiber protein S
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage Mu (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yamashita, E. / Takeda, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Virology / 年: 2024
タイトル: Determination of the three-dimensional structure of bacteriophage Mu(-) tail fiber and its characterization.
著者: Mori, Y. / Yamashita, E. / Nakagawa, A. / Matsuzawa, T. / Inagaki, M. / Aiba, Y. / Tanaka, S. / Hatori, S. / Ayami, M. / Takeda, S.
履歴
登録2023年6月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tail fiber protein S,Tail fiber protein S'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6971
ポリマ－52,6971
非ポリマー00
水4,179232
1
A: Tail fiber protein S,Tail fiber protein S'

A: Tail fiber protein S,Tail fiber protein S'

A: Tail fiber protein S,Tail fiber protein S'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,0923
ポリマ－158,0923
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area21880 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area30570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.839, 63.839, 462.383
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Space group name HallP32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-506-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tail fiber protein S,Tail fiber protein S' / Gene product 49 / gp49 / Gene product S / gpS / Gene product S' / gpS'


分子量: 52697.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage Mu (ファージ) / 遺伝子: S, Mup49, S', Mup52
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q9T1V0, UniProt: P0DJY6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES (pH 7.5), 4.3M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49.88 Å / Num. obs: 76418 / % possible obs: 99.75 % / 冗長度: 9.39 % / Biso Wilson estimate: 36.52 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / Num. unique obs: 3548 / CC1/2: 0.611

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→49.88 Å / SU ML: 0.1994 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.5094
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2149 3722 4.87 %
Rwork0.1976 72642 -
obs0.1984 76364 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 65.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→49.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2203 0 0 232 2435
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01942258
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35743074
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1166322
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.016402
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.782317
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.020.33171120.26812422X-RAY DIFFRACTION93.44
2.02-2.050.24611720.23972681X-RAY DIFFRACTION99.96
2.05-2.080.18171270.21822630X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.110.24991160.21342634X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.140.23141470.20592692X-RAY DIFFRACTION99.96
2.14-2.170.21671460.1962594X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.210.23661610.20552664X-RAY DIFFRACTION99.96
2.21-2.250.20731340.19942598X-RAY DIFFRACTION99.93
2.25-2.290.22021500.18532691X-RAY DIFFRACTION99.93
2.29-2.330.19861330.18252598X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.380.17441480.17372699X-RAY DIFFRACTION99.96
2.38-2.430.19461210.1762635X-RAY DIFFRACTION99.96
2.43-2.490.21851220.17442685X-RAY DIFFRACTION99.86
2.49-2.550.18281690.17052670X-RAY DIFFRACTION99.93
2.55-2.620.18521490.19532618X-RAY DIFFRACTION99.89
2.62-2.690.22291430.19632683X-RAY DIFFRACTION99.96
2.69-2.780.22051100.21542768X-RAY DIFFRACTION99.97
2.78-2.880.22311580.21442620X-RAY DIFFRACTION100
2.88-30.22361130.19842721X-RAY DIFFRACTION99.93
3-3.130.21991380.19162698X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.30.16751140.18142736X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.50.19071390.17582726X-RAY DIFFRACTION99.93
3.5-3.770.18641310.16842769X-RAY DIFFRACTION99.97
3.77-4.150.19281100.1732737X-RAY DIFFRACTION99.86
4.15-4.750.1921200.16912815X-RAY DIFFRACTION99.83
4.75-5.990.20421590.21052819X-RAY DIFFRACTION99.83
5.99-49.880.3031800.28083039X-RAY DIFFRACTION99.32
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -30.6839202554 Å / Origin y: 10.5883412353 Å / Origin z: 33.6374153333 Å
111213212223313233
T0.297946291113 Å2-8.56430837814E-5 Å20.0188633559631 Å2-0.286204414883 Å20.0344213217971 Å2--0.329507312381 Å2
L0.635164021429 °20.0112275587699 °20.170480777126 °2-0.683158897107 °20.127508807153 °2--1.12310998605 °2
S0.00805620813617 Å °-0.355600972121 Å °-0.0912716211115 Å °0.385587812809 Å °-0.028666745671 Å °0.0210193488373 Å °0.191887049555 Å °-0.0773222083087 Å °-0.00207088398231 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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