PDB-8ju3: Mu phage tail fiber

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ju3

タイトル

Mu phage tail fiber

要素

Tail fiber protein S,Tail fiber protein S'

キーワード

VIRAL PROTEIN / bacteriophage

機能・相同性

機能・相同性情報

viral tropism switching / virus tail, fiber / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia phage Mu (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Yamashita, E. / Takeda, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Determination of three-dimensional structure of bacteriophase Mu tail fiber
著者: Mori, Y. / Yamashita, E. / Nakagawa, A. / Matsuzawa, T. / Inagaki, M. / Cui, L. / Tanaka, S. / Hatori, S. / Takeda, S.

履歴

登録	2023年6月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ju3.cif.gz	165 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ju3.ent.gz	106.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ju3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ju3_validation.pdf.gz	435 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ju3_full_validation.pdf.gz	443.8 KB	表示
XML形式データ	8ju3_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	8ju3_validation.cif.gz	22.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/8ju3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/8ju3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tail fiber protein S,Tail fiber protein S'

52.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tail fiber protein S,Tail fiber protein S'

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
158 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.839, 63.839, 462.383
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321
Space group name Hall	P32"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x-y,-y,-z #5: -x,-x+y,-z #6: y,x,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-506- HOH

#1: タンパク質	Tail fiber protein S,Tail fiber protein S' / Gene product 49 / gp49 / Gene product S / gpS / Gene product S' / gpS' 分子量: 52697.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage Mu (ファージ) / 遺伝子: S, Mup49, S', Mup52 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q9T1V0, UniProt: P0DJY6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Tail fiber protein S,Tail fiber protein S' / Gene product 49 / gp49 / Gene product S / gpS / Gene product S' / gpS'

分子量: 52697.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia phage Mu (ファージ) / 遺伝子: S, Mup49, S', Mup52
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q9T1V0, UniProt: P0DJY6

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 5.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES (pH 7.5), 4.3M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→49.88 Å / Num. obs: 76418 / % possible obs: 99.75 % / 冗長度: 9.39 % / B_iso Wilson estimate: 36.52 Å² / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / Num. unique obs: 3548 / CC_1/2: 0.611

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→49.88 Å / SU ML: 0.1994 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.5094
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2149	3722	4.87 %
R_work	0.1976	72642	-
obs	0.1984	76364	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→49.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2203	0	0	232	2435

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0194	2258
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3574	3074
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1166	322
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.016	402
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.782	317

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.02	0.3317	112	0.2681	2422	X-RAY DIFFRACTION	93.44
2.02-2.05	0.2461	172	0.2397	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.05-2.08	0.1817	127	0.2182	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.11	0.2499	116	0.2134	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.14	0.2314	147	0.2059	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.14-2.17	0.2167	146	0.196	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.21	0.2366	161	0.2055	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.21-2.25	0.2073	134	0.1994	2598	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.25-2.29	0.2202	150	0.1853	2691	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.29-2.33	0.1986	133	0.1825	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.38	0.1744	148	0.1737	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.38-2.43	0.1946	121	0.176	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.43-2.49	0.2185	122	0.1744	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.49-2.55	0.1828	169	0.1705	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.55-2.62	0.1852	149	0.1953	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.62-2.69	0.2229	143	0.1963	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.69-2.78	0.2205	110	0.2154	2768	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.78-2.88	0.2231	158	0.2144	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-3	0.2236	113	0.1984	2721	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3-3.13	0.2199	138	0.1916	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.3	0.1675	114	0.1814	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3-3.5	0.1907	139	0.1758	2726	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.5-3.77	0.1864	131	0.1684	2769	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.77-4.15	0.1928	110	0.173	2737	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.15-4.75	0.192	120	0.1691	2815	X-RAY DIFFRACTION	99.83
4.75-5.99	0.2042	159	0.2105	2819	X-RAY DIFFRACTION	99.83
5.99-49.88	0.303	180	0.2808	3039	X-RAY DIFFRACTION	99.32

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -30.6839202554 Å / Origin y: 10.5883412353 Å / Origin z: 33.6374153333 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.297946291113 Å²	-8.56430837814E-5 Å²	0.0188633559631 Å²	-	0.286204414883 Å²	0.0344213217971 Å²	-	-	0.329507312381 Å²
L	0.635164021429 °²	0.0112275587699 °²	0.170480777126 °²	-	0.683158897107 °²	0.127508807153 °²	-	-	1.12310998605 °²
S	0.00805620813617 Å °	-0.355600972121 Å °	-0.0912716211115 Å °	0.385587812809 Å °	-0.028666745671 Å °	0.0210193488373 Å °	0.191887049555 Å °	-0.0773222083087 Å °	-0.00207088398231 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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