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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jtn | ||||||
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タイトル | Tudor domain of TDRD3 in complex with a small molecule | ||||||
要素 | Tudor domain-containing protein 3 | ||||||
キーワード | GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / Inhibitors / complexes / TUDO domains / histone readers / gene expression regulation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA topoisomerase III-beta-TDRD3 complex / DNA topological change / methylated histone binding / chromatin organization / transcription coactivator activity / chromatin binding / ゴルジ体 / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, M. / Wang, Z. / Li, W. / Shang, X. / Liu, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gene Regul Mech / 年: 2023 タイトル: Crystal structure of Tudor domain of TDRD3 in complex with a small molecule antagonist. 著者: Chen, M. / Wang, Z. / Li, W. / Chen, Y. / Xiao, Q. / Shang, X. / Huang, X. / Wei, Z. / Ji, X. / Liu, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jtn.cif.gz | 23.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jtn.ent.gz | 16 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jtn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/8jtn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/8jtn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6740.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDRD3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H7E2 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.63 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 1.2 M sodium citrate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→39.96 Å / Num. obs: 5267 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 7.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / Num. unique obs: 275 / CC1/2: 0.802 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→39.96 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.96 Å
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