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- PDB-8jsu: The crystal structure of TvaE in complex with TvaLP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jsu
タイトルThe crystal structure of TvaE in complex with TvaLP
要素
  • TvaE
  • TvaLP
キーワードLYASE / TvaE / Cyclase / Michael addition
機能・相同性BROMIDE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. NRRL S-87 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Li, M. / Pan, L.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21822705 中国
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2025
タイトル: Pseudokinases Can Catalyze Peptide Cyclization through Thioether Crosslinking
著者: Li, M. / Pan, L.F.
履歴
登録2023年6月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TvaLP
B: TvaE
C: TvaLP
D: TvaE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,01315
ポリマ－75,2034
非ポリマー81011
水12,340685
1
A: TvaLP
B: TvaE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1109
ポリマ－37,6012
非ポリマー5097
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area15920 Å2
手法PISA
2
C: TvaLP
D: TvaE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9036
ポリマ－37,6012
非ポリマー3014
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area16730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.224, 52.499, 73.673
Angle α, β, γ (deg.)94.72, 90.55, 112.55
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質・ペプチド / タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質・ペプチド TvaLP


分子量: 4258.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. NRRL S-87 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 TvaE


分子量: 33342.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. NRRL S-87 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 6種, 696分子

#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION


分子量: 79.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 685 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Amino acids(0.02 M DL-Glutamic acid monohydrate, 0.02 M DL-Alanine, 0.02 M Glycine, 0.02 M DL-Lysine monohydrochloride, 0.02 M DL-Serine), 0.1 M Buffer System 2 (0.05 M Sodium HEPES, 0. ...詳細: 0.1 M Amino acids(0.02 M DL-Glutamic acid monohydrate, 0.02 M DL-Alanine, 0.02 M Glycine, 0.02 M DL-Lysine monohydrochloride, 0.02 M DL-Serine), 0.1 M Buffer System 2 (0.05 M Sodium HEPES, 0.05M MOPS(acid)) pH=7.5, 50% v/v Precipitant Mix4 (12.5% v/v MPD, 12.5% v/v PEG 1000, 12.5% v/v PEG3350)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→42.17 Å / Num. obs: 105078 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.44→1.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.468 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 10353 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487)精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHENIX(1.20.1_4487)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.44→40.14 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 20.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1969 5265 5.01 %
Rwork0.1727 --
obs0.1739 105078 92.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.44→40.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5199 0 38 685 5922
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075601
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9667681
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.614874
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075877
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0161039
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.44-1.450.30641730.27543318X-RAY DIFFRACTION92
1.45-1.470.28111870.25673323X-RAY DIFFRACTION92
1.47-1.490.25281720.243282X-RAY DIFFRACTION92
1.49-1.510.26071930.2313354X-RAY DIFFRACTION92
1.51-1.530.21931830.21713214X-RAY DIFFRACTION92
1.53-1.550.22771570.21713358X-RAY DIFFRACTION91
1.55-1.570.23341750.20643368X-RAY DIFFRACTION93
1.57-1.590.25741720.19963320X-RAY DIFFRACTION92
1.59-1.620.22141880.19843288X-RAY DIFFRACTION92
1.62-1.640.20981700.19213342X-RAY DIFFRACTION93
1.64-1.670.24551730.17993400X-RAY DIFFRACTION93
1.67-1.70.21061390.18853416X-RAY DIFFRACTION93
1.7-1.740.23481430.18893389X-RAY DIFFRACTION93
1.74-1.770.21491590.18723324X-RAY DIFFRACTION93
1.77-1.810.20471950.18273381X-RAY DIFFRACTION92
1.81-1.850.20162020.18353245X-RAY DIFFRACTION93
1.85-1.90.20881780.17673370X-RAY DIFFRACTION93
1.9-1.950.22241830.17353342X-RAY DIFFRACTION92
1.95-2.010.18561810.16693300X-RAY DIFFRACTION93
2.01-2.070.20151560.17153385X-RAY DIFFRACTION93
2.07-2.140.20311860.16473345X-RAY DIFFRACTION93
2.14-2.230.16651720.16043313X-RAY DIFFRACTION92
2.23-2.330.1661440.16023326X-RAY DIFFRACTION92
2.33-2.460.17421670.16493357X-RAY DIFFRACTION92
2.46-2.610.20921880.16683297X-RAY DIFFRACTION92
2.61-2.810.17281850.16393322X-RAY DIFFRACTION92
2.81-3.090.19821750.16743269X-RAY DIFFRACTION91
3.09-3.540.18731980.15453303X-RAY DIFFRACTION92
3.54-4.460.16091670.13583308X-RAY DIFFRACTION92
4.46-40.140.17182040.16213254X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.4384 Å / Origin y: -0.6568 Å / Origin z: -15.6466 Å
111213212223313233
T0.0496 Å20.0103 Å20.0164 Å2-0.0778 Å20.0124 Å2--0.0766 Å2
L0.4751 °20.2184 °20.294 °2-0.3557 °20.3614 °2--0.6881 °2
S-0.0169 Å °0.013 Å °-0.0019 Å °-0.0203 Å °0.0067 Å °-0.0079 Å °-0.0247 Å °-0.0089 Å °0.0109 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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