PDB-8jrb: Structure of DNA polymerase 1 from Aquifex pyrophilus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jrb

タイトル

Structure of DNA polymerase 1 from Aquifex pyrophilus

要素

DNA polymerase I

キーワード

REPLICATION / DNA Polymerase

機能・相同性

機能・相同性情報

3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex pyrophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Clement, P. / Nair, D.T.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: A conserved polar residue plays a critical role in mismatch detection in A-family DNA polymerases.
著者: Clement, P.C. / Sapam, T. / Nair, D.T.

履歴

登録	2023年6月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jrb.cif.gz	573.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jrb.ent.gz	392.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8jrb_validation.pdf.gz	442.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jrb_full_validation.pdf.gz	460.6 KB	表示
XML形式データ	8jrb_validation.xml.gz	45 KB	表示
CIF形式データ	8jrb_validation.cif.gz	64 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/8jrb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/8jrb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (10) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (6)

登録構造単位

A: DNA polymerase I

B: DNA polymerase I

137 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA polymerase I

登録者が定義した集合体
68.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DNA polymerase I

登録者が定義した集合体
68.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	178.826, 74.725, 129.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.250, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 1 through 263 or resid 265 through 574))
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 1 through 263 or resid 265 through 574))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	MET	MET	GLY	GLY	A	A	1 - 263	24 - 286
d_1	2	VAL	VAL	ASP	ASP	A	A	265 - 574	288 - 597
d_2	1	MET	MET	GLY	GLY	B	B	1 - 263	24 - 286
d_2	2	VAL	VAL	ASP	ASP	B	B	265 - 574	288 - 597

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.762028618176, -0.564237857745, -0.31772318922), (-0.570800090603, 0.353607030974, 0.741046101274), (-0.305777111062, 0.746054761752, -0.591525697513)ベクター: - ...

#1: タンパク質	DNA polymerase I 分子量: 68625.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex pyrophilus (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41DE3 / 参照: UniProt: Q8GHE9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.96 % / 解説: Flat Plates
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 18% PEG 8K, 100 mM Ammonium Sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.969 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.969 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→48.91 Å / Num. obs: 80316 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 44.38 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_pim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 15.5
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 4.9 % / Num. unique obs: 4294 / CC_1/2: 0.669 / R_pim(I) all: 0.505 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→46.26 Å / SU ML: 0.2983 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 25.6713
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2329	7766	5.1 %
R_work	0.1909	144633	-
obs	0.193	80236	94.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9287	0	0	411	9698

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9441
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2614	12692
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0614	1434
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0075	1611
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.3545	1256

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.98673379328 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.3619	251	0.3062	4789	X-RAY DIFFRACTION	96.59
2.23-2.25	0.4455	235	0.3752	4091	X-RAY DIFFRACTION	79.06
2.25-2.28	0.3499	274	0.3045	4776	X-RAY DIFFRACTION	94.85
2.28-2.31	0.3199	303	0.264	4980	X-RAY DIFFRACTION	96.62
2.31-2.34	0.2777	267	0.2455	4852	X-RAY DIFFRACTION	96.13
2.34-2.37	0.2882	247	0.2328	5001	X-RAY DIFFRACTION	96.72
2.37-2.4	0.2816	246	0.2322	4983	X-RAY DIFFRACTION	96.62
2.4-2.44	0.28	254	0.2306	4914	X-RAY DIFFRACTION	96.72
2.44-2.48	0.2333	241	0.2244	4990	X-RAY DIFFRACTION	96.74
2.48-2.52	0.279	260	0.2235	4892	X-RAY DIFFRACTION	96.68
2.52-2.56	0.2845	247	0.2331	5002	X-RAY DIFFRACTION	96.67
2.56-2.61	0.2467	253	0.2294	4915	X-RAY DIFFRACTION	96.53
2.61-2.66	0.3604	297	0.2359	4789	X-RAY DIFFRACTION	94.17
2.66-2.71	0.3357	246	0.2452	4475	X-RAY DIFFRACTION	87.41
2.71-2.77	0.2372	265	0.2253	4985	X-RAY DIFFRACTION	96.7
2.77-2.84	0.2696	279	0.2179	4830	X-RAY DIFFRACTION	96.09
2.84-2.91	0.291	239	0.2187	5014	X-RAY DIFFRACTION	96.63
2.91-2.99	0.2888	273	0.2008	4901	X-RAY DIFFRACTION	95.73
2.99-3.07	0.2402	270	0.1982	4847	X-RAY DIFFRACTION	95.47
3.07-3.17	0.2487	309	0.2093	4880	X-RAY DIFFRACTION	96.97
3.17-3.29	0.2553	258	0.1978	4952	X-RAY DIFFRACTION	96.2
3.29-3.42	0.2161	267	0.1922	4891	X-RAY DIFFRACTION	95.43
3.42-3.57	0.2185	246	0.1911	4582	X-RAY DIFFRACTION	89.41
3.57-3.76	0.2305	241	0.184	4728	X-RAY DIFFRACTION	92.26
3.76-4	0.235	232	0.1738	4550	X-RAY DIFFRACTION	88.95
4-4.31	0.1685	271	0.1491	4768	X-RAY DIFFRACTION	93.35
4.31-4.74	0.1735	223	0.1437	4798	X-RAY DIFFRACTION	93.43
4.74-5.42	0.2211	251	0.1621	4827	X-RAY DIFFRACTION	93.24
5.42-6.83	0.2099	292	0.1912	4834	X-RAY DIFFRACTION	95.3
6.83-46.26	0.1741	229	0.1538	4797	X-RAY DIFFRACTION	93.47

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.02658171213	0.396024249155	-0.897020579005	1.90647222713	-0.250479540689	2.82862605003	-0.0105420499255	0.137155867338	-0.375980841378	0.0504868451281	-0.0245927846327	-0.375068968869	0.278388777774	0.285546076404	0.0222592388214	0.392150601981	0.032967049507	-0.0542414264418	0.365193130668	-0.0332544418799	0.438726329086	-20.06629449	2.78483781015	40.1735969167
2	2.43934594532	0.0751991300448	-0.887865190881	0.300835830784	-0.0744205388639	1.00474146095	0.113911788273	-0.123974394008	0.0277797035915	0.140355111259	-0.0453949132739	-0.0313324925809	-0.208621917722	0.110097473312	-0.0721468066628	0.417555098746	-0.000873914064007	-0.0319249945845	0.300873823551	-0.0110899732097	0.334428249119	-30.9464420448	11.5902076501	48.0263977686
3	2.84253712194	-0.555138524386	1.07419499503	0.256304518998	0.0216032613469	0.657961752984	-0.0255194060378	0.417880654195	0.2327810273	0.0660168111	-0.102534098298	-0.00372915060102	-0.179548167382	0.0696126892614	0.0914696372458	0.47493158915	-0.0219679148875	0.0634420633102	0.435083593815	-0.00222035435112	0.40398912382	-66.7827537732	15.0406644782	31.6474390312
4	2.25673584878	-0.0885218418999	-0.203718040236	1.09374545743	0.16731667636	0.644914245695	-0.0400150314897	-0.148666523043	-0.241667096634	0.0978010343141	-0.0194501348267	0.000813501237817	0.0481378295153	-0.00514573965261	0.0623707338129	0.421904600211	-0.0169127282965	0.0111591949048	0.231580721368	0.0230658616069	0.266182697104	-59.8636453983	3.67588118409	56.3711243376
5	1.57065133901	1.22601149705	-0.514023980445	1.90767172556	-0.313862070317	0.912057461495	-0.0849494606502	0.396063945447	0.52529479989	-0.189557282016	0.194228285413	0.686298147796	0.0688265159739	-0.341755622873	-0.094562000501	0.304407080187	0.00770764281782	-0.0671253260458	0.59938697665	0.0340223224353	0.530066164424	-36.8810600787	21.687594969	11.2850432375
6	1.44156423503	1.29650551654	1.19499663889	1.55030030486	0.484551546658	1.90882959902	-0.0396141118675	-0.0443597266613	0.218767871774	0.116526506105	-0.116832953145	0.306490250193	-0.112521833638	-0.385830457172	0.120526647648	0.383080766766	0.0176169857378	0.00299639818556	0.41062975164	-0.0293161340912	0.375427855405	-2.7713424706	40.6278086595	41.7158189873
7	0.951291475506	0.717704440859	0.145726664869	1.61597751847	-0.0575624569024	0.570740096149	-0.0431600863593	0.115773981687	0.446211026646	-0.00178924435842	0.0711926667894	0.385782067385	-0.129600631921	-0.123511651711	-0.0164372693951	0.365819550868	0.0755515368597	0.0168623011703	0.479483868229	0.0434502931306	0.508949417945	-13.2415976189	46.2652707631	12.8447381999

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 90 )	A	A	1 - 90	1 - 90
2	2	chain 'A' and (resid 91 through 209 )	A	A	91 - 209	91 - 209
3	3	chain 'A' and (resid 210 through 334 )	A	A	210 - 334	210 - 334
4	4	chain 'A' and (resid 335 through 574 )	A	A	335 - 574	335 - 574
5	5	chain 'B' and (resid 1 through 209 )	B	B	1 - 209	1 - 209
6	6	chain 'B' and (resid 210 through 303 )	B	B	210 - 303	210 - 303
7	7	chain 'B' and (resid 304 through 574 )	B	B	304 - 574	304 - 574

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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