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- PDB-8jrb: Structure of DNA polymerase 1 from Aquifex pyrophilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jrb
タイトルStructure of DNA polymerase 1 from Aquifex pyrophilus
要素DNA polymerase I
キーワードREPLICATION / DNA Polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / Ribonuclease H superfamily ...3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Aquifex pyrophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Clement, P. / Nair, D.T.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)C09001 インド
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: A conserved polar residue plays a critical role in mismatch detection in A-family DNA polymerases.
著者: Clement, P.C. / Sapam, T. / Nair, D.T.
履歴
登録2023年6月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase I
B: DNA polymerase I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,2512
ポリマ－137,2512
非ポリマー00
水7,404411
1
A: DNA polymerase I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6251
ポリマ－68,6251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA polymerase I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6251
ポリマ－68,6251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)178.826, 74.725, 129.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.250, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 263 or resid 265 through 574))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 263 or resid 265 through 574))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11METMETGLYGLYAA1 - 26324 - 286
d_12VALVALASPASPAA265 - 574288 - 597
d_21METMETGLYGLYBB1 - 26324 - 286
d_22VALVALASPASPBB265 - 574288 - 597

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.762028618176, -0.564237857745, -0.31772318922), (-0.570800090603, 0.353607030974, 0.741046101274), (-0.305777111062, 0.746054761752, -0.591525697513)ベクター: - ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.762028618176, -0.564237857745, -0.31772318922), (-0.570800090603, 0.353607030974, 0.741046101274), (-0.305777111062, 0.746054761752, -0.591525697513)
ベクター: -38.3831801117, -28.9417163154, 23.9742209246)

-
要素

#1: タンパク質 DNA polymerase I


分子量: 68625.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex pyrophilus (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41DE3 / 参照: UniProt: Q8GHE9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.96 % / 解説: Flat Plates
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 18% PEG 8K, 100 mM Ammonium Sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.969 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.969 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.91 Å / Num. obs: 80316 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 44.38 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 4.9 % / Num. unique obs: 4294 / CC1/2: 0.669 / Rpim(I) all: 0.505 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→46.26 Å / SU ML: 0.2983 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 25.6713
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2329 7766 5.1 %
Rwork0.1909 144633 -
obs0.193 80236 94.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9287 0 0 411 9698
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0079441
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.261412692
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06141434
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00751611
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.35451256
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.98673379328 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.230.36192510.30624789X-RAY DIFFRACTION96.59
2.23-2.250.44552350.37524091X-RAY DIFFRACTION79.06
2.25-2.280.34992740.30454776X-RAY DIFFRACTION94.85
2.28-2.310.31993030.2644980X-RAY DIFFRACTION96.62
2.31-2.340.27772670.24554852X-RAY DIFFRACTION96.13
2.34-2.370.28822470.23285001X-RAY DIFFRACTION96.72
2.37-2.40.28162460.23224983X-RAY DIFFRACTION96.62
2.4-2.440.282540.23064914X-RAY DIFFRACTION96.72
2.44-2.480.23332410.22444990X-RAY DIFFRACTION96.74
2.48-2.520.2792600.22354892X-RAY DIFFRACTION96.68
2.52-2.560.28452470.23315002X-RAY DIFFRACTION96.67
2.56-2.610.24672530.22944915X-RAY DIFFRACTION96.53
2.61-2.660.36042970.23594789X-RAY DIFFRACTION94.17
2.66-2.710.33572460.24524475X-RAY DIFFRACTION87.41
2.71-2.770.23722650.22534985X-RAY DIFFRACTION96.7
2.77-2.840.26962790.21794830X-RAY DIFFRACTION96.09
2.84-2.910.2912390.21875014X-RAY DIFFRACTION96.63
2.91-2.990.28882730.20084901X-RAY DIFFRACTION95.73
2.99-3.070.24022700.19824847X-RAY DIFFRACTION95.47
3.07-3.170.24873090.20934880X-RAY DIFFRACTION96.97
3.17-3.290.25532580.19784952X-RAY DIFFRACTION96.2
3.29-3.420.21612670.19224891X-RAY DIFFRACTION95.43
3.42-3.570.21852460.19114582X-RAY DIFFRACTION89.41
3.57-3.760.23052410.1844728X-RAY DIFFRACTION92.26
3.76-40.2352320.17384550X-RAY DIFFRACTION88.95
4-4.310.16852710.14914768X-RAY DIFFRACTION93.35
4.31-4.740.17352230.14374798X-RAY DIFFRACTION93.43
4.74-5.420.22112510.16214827X-RAY DIFFRACTION93.24
5.42-6.830.20992920.19124834X-RAY DIFFRACTION95.3
6.83-46.260.17412290.15384797X-RAY DIFFRACTION93.47
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.026581712130.396024249155-0.8970205790051.90647222713-0.2504795406892.82862605003-0.01054204992550.137155867338-0.3759808413780.0504868451281-0.0245927846327-0.3750689688690.2783887777740.2855460764040.02225923882140.3921506019810.032967049507-0.05424142644180.365193130668-0.03325444187990.438726329086-20.066294492.7848378101540.1735969167
22.439345945320.0751991300448-0.8878651908810.300835830784-0.07442053886391.004741460950.113911788273-0.1239743940080.02777970359150.140355111259-0.0453949132739-0.0313324925809-0.2086219177220.110097473312-0.07214680666280.417555098746-0.000873914064007-0.03192499458450.300873823551-0.01108997320970.334428249119-30.946442044811.590207650148.0263977686
32.84253712194-0.5551385243861.074194995030.2563045189980.02160326134690.657961752984-0.02551940603780.4178806541950.23278102730.0660168111-0.102534098298-0.00372915060102-0.1795481673820.06961268926140.09146963724580.47493158915-0.02196791488750.06344206331020.435083593815-0.002220354351120.40398912382-66.782753773215.040664478231.6474390312
42.25673584878-0.0885218418999-0.2037180402361.093745457430.167316676360.644914245695-0.0400150314897-0.148666523043-0.2416670966340.0978010343141-0.01945013482670.0008135012378170.0481378295153-0.005145739652610.06237073381290.421904600211-0.01691272829650.01115919490480.2315807213680.02306586160690.266182697104-59.86364539833.6758811840956.3711243376
51.570651339011.22601149705-0.5140239804451.90767172556-0.3138620703170.912057461495-0.08494946065020.3960639454470.52529479989-0.1895572820160.1942282854130.6862981477960.0688265159739-0.341755622873-0.0945620005010.3044070801870.00770764281782-0.06712532604580.599386976650.03402232243530.530066164424-36.881060078721.68759496911.2850432375
61.441564235031.296505516541.194996638891.550300304860.4845515466581.90882959902-0.0396141118675-0.04435972666130.2187678717740.116526506105-0.1168329531450.306490250193-0.112521833638-0.3858304571720.1205266476480.3830807667660.01761698573780.002996398185560.41062975164-0.02931613409120.375427855405-2.771342470640.627808659541.7158189873
70.9512914755060.7177044408590.1457266648691.61597751847-0.05756245690240.570740096149-0.04316008635930.1157739816870.446211026646-0.001789244358420.07119266678940.385782067385-0.129600631921-0.123511651711-0.01643726939510.3658195508680.07555153685970.01686230117030.4794838682290.04345029313060.508949417945-13.241597618946.265270763112.8447381999
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 90 )AA1 - 901 - 90
22chain 'A' and (resid 91 through 209 )AA91 - 20991 - 209
33chain 'A' and (resid 210 through 334 )AA210 - 334210 - 334
44chain 'A' and (resid 335 through 574 )AA335 - 574335 - 574
55chain 'B' and (resid 1 through 209 )BB1 - 2091 - 209
66chain 'B' and (resid 210 through 303 )BB210 - 303210 - 303
77chain 'B' and (resid 304 through 574 )BB304 - 574304 - 574

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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