+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8jrb | ||||||
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Title | Structure of DNA polymerase 1 from Aquifex pyrophilus | ||||||
Components | DNA polymerase I | ||||||
Keywords | REPLICATION / DNA Polymerase | ||||||
Function / homology | Function and homology information 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Aquifex pyrophilus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Clement, P. / Nair, D.T. | ||||||
Funding support | India, 1items
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Citation | Journal: Int.J.Biol.Macromol. / Year: 2024 Title: A conserved polar residue plays a critical role in mismatch detection in A-family DNA polymerases. Authors: Clement, P.C. / Sapam, T. / Nair, D.T. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8jrb.cif.gz | 573.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8jrb.ent.gz | 392.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8jrb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8jrb_validation.pdf.gz | 442.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8jrb_full_validation.pdf.gz | 460.6 KB | Display | |
Data in XML | 8jrb_validation.xml.gz | 45 KB | Display | |
Data in CIF | 8jrb_validation.cif.gz | 64 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/8jrb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/8jrb | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: ens_1
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.762028618176, -0.564237857745, -0.31772318922), (-0.570800090603, 0.353607030974, 0.741046101274), (-0.305777111062, 0.746054761752, -0.591525697513)Vector: -38. ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.762028618176, -0.564237857745, -0.31772318922), Vector: |
-Components
#1: Protein | Mass: 68625.414 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aquifex pyrophilus (bacteria) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): C41DE3 / References: UniProt: Q8GHE9 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3 Å3/Da / Density % sol: 58.96 % / Description: Flat Plates |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: 18% PEG 8K, 100 mM Ammonium Sulphate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: MASSIF-1 / Wavelength: 0.969 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Feb 6, 2023 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.969 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→48.91 Å / Num. obs: 80316 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 44.38 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 15.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.24 Å / Redundancy: 4.9 % / Num. unique obs: 4294 / CC1/2: 0.669 / Rpim(I) all: 0.505 / % possible all: 96.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.2→46.26 Å / SU ML: 0.2983 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / Phase error: 25.6713 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 56.14 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→46.26 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Type: Torsion NCS / Rms dev position: 0.98673379328 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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