PDB-8jqf: Structure of CmCBDA in complex with Ni2+ and Glycerol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jqf

タイトル

Structure of CmCBDA in complex with Ni2+ and Glycerol

要素

YdjC family protein

キーワード

HYDROLASE / CmCBDA / N-acetylglucosamine deacetylase / mentalloenzyme / enzyme engineering

機能・相同性

Carbohydrate deacetylase YdjC-like / YdjC-like protein / Glycoside hydrolase/deacetylase, beta/alpha-barrel / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / NICKEL (II) ION / YdjC family protein

機能・相同性情報

生物種

Cyclobacterium marinum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Li, X.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural Insights into the Catalytic Activity of Cyclobacterium marinum N -Acetylglucosamine Deacetylase.
著者: Hu, S. / Xu, L. / Xie, C. / Hong, J.

履歴

登録	2023年6月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jqf.cif.gz	250 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jqf.ent.gz	199.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jqf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/8jqf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/8jqf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jqeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1)

登録構造単位

B: YdjC family protein

A: YdjC family protein

ヘテロ分子

71.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.228, 60.017, 86.635
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.92, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	YdjC family protein 分子量: 35334.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cyclobacterium marinum (バクテリア) 遺伝子: Cycma_4778 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0J5L4
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Sodium sulfate, 20% PEG 8000, 10mM NiSO4, 10 mM GlcNAc

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9798 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9798 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→40 Å / Num. obs: 54006 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 20.37 Å² / R_merge(I) obs: 0.186 / R_pim(I) all: 0.086 / R_rim(I) all: 0.206 / Χ²: 0.97 / Net I/σ(I): 4.8 / Num. measured all: 289091

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.85-1.92	4.1	1.032	5164	0.566	0.52	1.162	0.865	94.4
1.92-1.99	4.5	0.817	5242	0.665	0.399	0.914	0.92	95.7
1.99-2.08	4.7	0.643	5262	0.763	0.318	0.722	0.967	95.8
2.08-2.19	5.5	0.541	5452	0.813	0.252	0.6	0.999	99.2
2.19-2.33	5.7	0.431	5479	0.871	0.199	0.477	1.016	99.5
2.33-2.51	5.5	0.347	5370	0.898	0.164	0.385	1.046	97.7
2.51-2.76	6	0.258	5475	0.94	0.117	0.284	1.06	99.5
2.76-3.16	5.9	0.187	5472	0.969	0.085	0.206	1.04	98.9
3.16-3.98	5.9	0.124	5516	0.983	0.056	0.136	0.948	99
3.98-40	5.6	0.096	5574	0.988	0.044	0.106	0.78	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→30.67 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1964	2398	4.87 %
R_work	0.161	-	-
obs	0.1627	49225	89.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→30.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4646	0	24	306	4976

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	4772
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.276	6447
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.183	613
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	689
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	837

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.89	0.3037	72	0.2322	1523	X-RAY DIFFRACTION	50
1.89-1.93	0.2503	94	0.2078	1947	X-RAY DIFFRACTION	63
1.93-1.97	0.2664	110	0.2082	2271	X-RAY DIFFRACTION	74
1.97-2.02	0.2494	140	0.2037	2559	X-RAY DIFFRACTION	83
2.02-2.08	0.2081	133	0.1795	2708	X-RAY DIFFRACTION	89
2.08-2.14	0.2315	124	0.1636	2879	X-RAY DIFFRACTION	93
2.14-2.21	0.211	146	0.1609	2871	X-RAY DIFFRACTION	93
2.21-2.29	0.1942	156	0.1583	2875	X-RAY DIFFRACTION	93
2.29-2.38	0.1942	148	0.1593	2895	X-RAY DIFFRACTION	94
2.38-2.49	0.1924	149	0.1627	2878	X-RAY DIFFRACTION	93
2.49-2.62	0.2123	176	0.1607	2973	X-RAY DIFFRACTION	97
2.62-2.78	0.183	146	0.1499	3063	X-RAY DIFFRACTION	99
2.78-3	0.1921	173	0.1556	3071	X-RAY DIFFRACTION	99
3-3.3	0.1727	171	0.15	2983	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3-3.77	0.1723	137	0.1438	3140	X-RAY DIFFRACTION	100
3.77-4.75	0.1723	162	0.1414	3042	X-RAY DIFFRACTION	98
4.75-30.67	0.2174	161	0.183	3149	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1549	0.0189	0.0682	1.4372	0.1893	0.7103	0.0114	0.102	-0.0316	-0.1487	-0.0153	-0.1312	-0.0088	0.0971	0.0038	0.117	-0.0071	0.0181	0.0877	0.0182	0.1125	-2.7078	0.5175	38.5883
2	2.3526	0.0606	0.3349	1.8439	0.5587	1.9857	0.1266	-0.7222	-0.121	0.3188	0.065	-0.4037	0.1552	0.2584	-0.113	0.2044	-0.0258	-0.0911	0.4219	0.0033	0.2368	17.3307	7.2215	71.4682

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'B' and resid 1 through 289)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'A' and resid 2 through 289)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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