ソフトウェア 名称 バージョン 分類 PHENIX(1.19.2_4158)精密化 HKL-2000データスケーリング PDB_EXTRACT3.27 データ抽出 HKL-3000データ削減 PHASER位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換 / 解像度 : 1.85→30.67 Å / SU ML : 0.18 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 1.36 / 位相誤差 : 19.9 / 立体化学のターゲット値 : MLRfactor 反射数 %反射 Rfree 0.1964 2398 4.87 % Rwork 0.161 - - obs 0.1627 49225 89.14 %
溶媒の処理 減衰半径 : 1 Å / VDWプローブ半径 : 1.3 Å / 溶媒モデル : FLAT BULK SOLVENT MODEL精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.85→30.67 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 4646 0 24 306 4976
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal 数 X-RAY DIFFRACTION f_bond_d0.015 4772 X-RAY DIFFRACTION f_angle_d1.276 6447 X-RAY DIFFRACTION f_dihedral_angle_d6.183 613 X-RAY DIFFRACTION f_chiral_restr0.079 689 X-RAY DIFFRACTION f_plane_restr0.01 837
LS精密化 シェル 大きな表を表示 (7 x 17) 大きな表を隠す 解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree Rfactor Rwork Num. reflection Rwork Refine-ID % reflection obs (%)1.85-1.89 0.3037 72 0.2322 1523 X-RAY DIFFRACTION 50 1.89-1.93 0.2503 94 0.2078 1947 X-RAY DIFFRACTION 63 1.93-1.97 0.2664 110 0.2082 2271 X-RAY DIFFRACTION 74 1.97-2.02 0.2494 140 0.2037 2559 X-RAY DIFFRACTION 83 2.02-2.08 0.2081 133 0.1795 2708 X-RAY DIFFRACTION 89 2.08-2.14 0.2315 124 0.1636 2879 X-RAY DIFFRACTION 93 2.14-2.21 0.211 146 0.1609 2871 X-RAY DIFFRACTION 93 2.21-2.29 0.1942 156 0.1583 2875 X-RAY DIFFRACTION 93 2.29-2.38 0.1942 148 0.1593 2895 X-RAY DIFFRACTION 94 2.38-2.49 0.1924 149 0.1627 2878 X-RAY DIFFRACTION 93 2.49-2.62 0.2123 176 0.1607 2973 X-RAY DIFFRACTION 97 2.62-2.78 0.183 146 0.1499 3063 X-RAY DIFFRACTION 99 2.78-3 0.1921 173 0.1556 3071 X-RAY DIFFRACTION 99 3-3.3 0.1727 171 0.15 2983 X-RAY DIFFRACTION 97 3.3-3.77 0.1723 137 0.1438 3140 X-RAY DIFFRACTION 100 3.77-4.75 0.1723 162 0.1414 3042 X-RAY DIFFRACTION 98 4.75-30.67 0.2174 161 0.183 3149 X-RAY DIFFRACTION 98
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 1.1549 0.0189 0.0682 1.4372 0.1893 0.7103 0.0114 0.102 -0.0316 -0.1487 -0.0153 -0.1312 -0.0088 0.0971 0.0038 0.117 -0.0071 0.0181 0.0877 0.0182 0.1125 -2.7078 0.5175 38.5883 2 2.3526 0.0606 0.3349 1.8439 0.5587 1.9857 0.1266 -0.7222 -0.121 0.3188 0.065 -0.4037 0.1552 0.2584 -0.113 0.2044 -0.0258 -0.0911 0.4219 0.0033 0.2368 17.3307 7.2215 71.4682
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details 1 X-RAY DIFFRACTION 1 (chain 'B' and resid 1 through 289)2 X-RAY DIFFRACTION 2 (chain 'A' and resid 2 through 289)