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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jq6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Lactobacillus rhamnosus L-rhamnose isomerase in complex with D-allose | ||||||
要素 | L-rhamnose isomerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / TIM barrel | ||||||
機能・相同性 | alpha-D-allopyranose / beta-D-allopyranose / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Lacticaseibacillus rhamnosus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å | ||||||
データ登録者 | Yoshida, H. / Yoshihara, A. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2024 タイトル: X-ray structure and characterization of a probiotic Lactobacillus rhamnosus Probio-M9 L-rhamnose isomerase. 著者: Yoshida, H. / Yamamoto, N. / Kurahara, L.H. / Izumori, K. / Yoshihara, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jq6.cif.gz | 695.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jq6.ent.gz | 576.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jq6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8jq6_validation.pdf.gz | 6.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8jq6_full_validation.pdf.gz | 6.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8jq6_validation.xml.gz | 63.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8jq6_validation.cif.gz | 92.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/8jq6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/8jq6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8jq3C 8jq4C 8jq5C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49746.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lacticaseibacillus rhamnosus (バクテリア) 遺伝子: rhaA / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 糖 | ChemComp-ALL / #4: 糖 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.29 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG550MME, MES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.71→49.16 Å / Num. obs: 200687 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.154 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 2640827 |
反射 シェル | 解像度: 1.71→1.74 Å / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 1.338 / Num. measured all: 124747 / Num. unique obs: 9801 / CC1/2: 0.7 / Rpim(I) all: 0.386 / Rrim(I) all: 1.393 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 2.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.71→46.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 5.144 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.501 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.71→46.43 Å
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拘束条件 |
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