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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jq5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Lactobacillus rhamnosus L-rhamnose isomerase in complex with D-allulose | ||||||
![]() | L-rhamnose isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / TIM barrel | ||||||
機能・相同性 | : / D-psicose / alpha-D-psicofuranose![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yoshida, H. / Yoshihara, A. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: X-ray structure and characterization of a probiotic Lactobacillus rhamnosus Probio-M9 L-rhamnose isomerase. 著者: Yoshida, H. / Yamamoto, N. / Kurahara, L.H. / Izumori, K. / Yoshihara, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 698.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 578.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 8.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 8.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 64.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 92.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8jq3C ![]() 8jq4C ![]() 8jq6C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49746.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: rhaA / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 糖 | ChemComp-PSJ / #4: 糖 | ChemComp-PSV / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.81 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG550MME, MES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.73→48.94 Å / Num. obs: 192191 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.123 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 17.5 / Num. measured all: 2569188 |
反射 シェル | 解像度: 1.73→1.76 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 1.414 / Num. measured all: 127215 / Num. unique obs: 9422 / CC1/2: 0.722 / Rpim(I) all: 0.396 / Rrim(I) all: 1.469 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I) obs: 2.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.6 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.73→46.23 Å
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拘束条件 |
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