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- PDB-8jq4: Crystal structure of Lactobacillus rhamnosus L-rhamnose isomerase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jq4
タイトルCrystal structure of Lactobacillus rhamnosus L-rhamnose isomerase in complex with L-rhamnose
要素L-rhamnose isomerase
キーワードISOMERASE / TIM barrel
機能・相同性: / alpha-L-rhamnopyranose / beta-L-rhamnopyranose
機能・相同性情報
生物種Lacticaseibacillus rhamnosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Yoshida, H. / Yoshihara, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2024
タイトル: X-ray structure and characterization of a probiotic Lactobacillus rhamnosus Probio-M9 L-rhamnose isomerase.
著者: Yoshida, H. / Yamamoto, N. / Kurahara, L.H. / Izumori, K. / Yoshihara, A.
履歴
登録2023年6月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-rhamnose isomerase
B: L-rhamnose isomerase
C: L-rhamnose isomerase
D: L-rhamnose isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,57619
ポリマ－198,9884
非ポリマー1,58915
水28,7881598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21360 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area53740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.116, 140.786, 147.345
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
L-rhamnose isomerase


分子量: 49746.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lacticaseibacillus rhamnosus (バクテリア)
遺伝子: rhaA / プラスミド: pQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 糖
ChemComp-RM4 / beta-L-rhamnopyranose / beta-L-rhamnose / 6-deoxy-beta-L-mannopyranose / L-rhamnose / rhamnose / β-L-ラムノピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LRhapbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-rhamnopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-RhapIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RhaSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 糖 ChemComp-RAM / alpha-L-rhamnopyranose / alpha-L-rhamnose / 6-deoxy-alpha-L-mannopyranose / L-rhamnose / rhamnose / α-L-ラムノピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
LRhapaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-rhamnopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-RhapIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
RhaSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1598 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 550MME, MES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→46.93 Å / Num. obs: 241662 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.12 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 16.7 / Num. measured all: 3204608
反射 シェル解像度: 1.61→1.64 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 1.402 / Num. measured all: 159575 / Num. unique obs: 11906 / CC1/2: 0.711 / Rpim(I) all: 0.397 / Rrim(I) all: 1.458 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I) obs: 2.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
REFMAC5.8精密化
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.61→45.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 4.976 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20789 11882 5 %RANDOM
Rwork0.16465 ---
obs0.16675 227211 98.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.681 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.61→45.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13334 0 85 1598 15017
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.01313775
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.01712504
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1011.64518665
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.261.58829053
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.82251634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.80122.686778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.507152322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.521580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.21757
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023009
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4471.8596560
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4391.8586559
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8642.7968186
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8662.7978187
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7422.1227215
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7412.1227215
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.1833.08810480
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.1323.26116322
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.80622.65615904
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.625326279
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight thermal / Weight position: 0.87

Ens-IDDom-ID数Rms dev position (Å)
1133155.17
2233154.85
3333044
4433223.72
5533114.61
6633115.4
LS精密化 シェル解像度: 1.61→1.652 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 879 -
Rwork0.198 16841 -
obs--99.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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