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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jq1 | |||||||||||||||
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タイトル | Solution NMR Structure of zinc fingers 1-2 (fragment 257-320) from human insulinoma-associated protein 1(INSM1) | |||||||||||||||
要素 | Insulinoma-associated protein 1 | |||||||||||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / Zinc fingers / Long flexible linker / C3H/C2H2-type Zinc-fingers | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adrenal chromaffin cell differentiation / Regulation of gene expression in endocrine-committed (NEUROG3+) progenitor cells / pancreatic A cell differentiation / noradrenergic neuron development / type B pancreatic cell differentiation / transdifferentiation / norepinephrine biosynthetic process / regulation of cell cycle process / sympathetic ganglion development / type B pancreatic cell development ...adrenal chromaffin cell differentiation / Regulation of gene expression in endocrine-committed (NEUROG3+) progenitor cells / pancreatic A cell differentiation / noradrenergic neuron development / type B pancreatic cell differentiation / transdifferentiation / norepinephrine biosynthetic process / regulation of cell cycle process / sympathetic ganglion development / type B pancreatic cell development / positive regulation of neural precursor cell proliferation / regulation of protein-containing complex assembly / transcription repressor complex / cyclin binding / negative regulation of protein phosphorylation / positive regulation of cell differentiation / neuron differentiation / chromatin DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / histone deacetylase binding / cell migration / regulation of gene expression / cell population proliferation / molecular adaptor activity / regulation of cell cycle / positive regulation of cell migration / cell cycle / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | |||||||||||||||
データ登録者 | He, X.L. / Yang, Y.H. | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Solution NMR Structure of zinc fingers 1-2 (fragment 257-320) from human insulinoma-associated protein 1(INSM1) 著者: He, X.L. / Yang, Y.H. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jq1.cif.gz | 402.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jq1.ent.gz | 334.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jq1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8jq1_validation.pdf.gz | 468.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8jq1_full_validation.pdf.gz | 614.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8jq1_validation.xml.gz | 26.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8jq1_validation.cif.gz | 42.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/8jq1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jq/8jq1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7287.485 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INSM1, IA1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q01101 | ||
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#2: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution / 内容: 2.0 % [U-13C; U-15N] ribonuclease, 90% H2O/10% D2O / Label: 13C-15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 2.0 % / 構成要素: ribonuclease / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N] |
試料状態 | イオン強度: 100 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 Pa / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |