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- PDB-8jq0: Crystal structure of ZBTB48 ZF10-11-C in complex with CIITA promoter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jq0
タイトルCrystal structure of ZBTB48 ZF10-11-C in complex with CIITA promoter
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*CP*AP*AP*GP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*TP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*TP*CP*CP*CP*TP*CP*AP*CP*TP*TP*GP*T)-3')
  • HKR3 protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / HKR3 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Li, F.D. / Wang, S.M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of ZBTB48 ZF10-11-C in complex with CIITA promoter
著者: Li, F.D. / Wang, S.M.
履歴
登録2023年6月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HKR3 protein
B: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*AP*AP*GP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*TP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*TP*CP*CP*CP*TP*CP*AP*CP*TP*TP*GP*T)-3')
D: HKR3 protein
E: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*AP*AP*GP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*TP*CP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*TP*CP*CP*CP*TP*CP*AP*CP*TP*TP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,93210
ポリマ－37,6706
非ポリマー2624
水00
1
A: HKR3 protein
B: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*AP*AP*GP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*TP*CP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*TP*CP*CP*CP*TP*CP*AP*CP*TP*TP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9665
ポリマ－18,8353
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area9240 Å2
手法PISA
2
D: HKR3 protein
E: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*AP*AP*GP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*TP*CP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*TP*CP*CP*CP*TP*CP*AP*CP*TP*TP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9665
ポリマ－18,8353
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4220 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area9150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.563, 46.864, 79.047
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 HKR3 protein / ZBTB48


分子量: 9038.560 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HKR3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6LCP1
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*CP*AP*AP*GP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*TP*CP*A)-3')


分子量: 4956.243 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*GP*AP*TP*CP*CP*CP*TP*CP*AP*CP*TP*TP*GP*T)-3')


分子量: 4840.140 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M bis-Tris pH 5.5, 25% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→40 Å / Num. obs: 8503 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.989 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.128 / Χ2: 0.857 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 52860
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.9-2.9550.8674060.8150.9480.3880.9540.61991.4
2.95-35.30.7353810.8930.9710.3220.8050.56495.7
3-3.065.50.8364350.8280.9520.3720.9180.57598
3.06-3.1260.6034140.920.9790.2570.6570.56997.6
3.12-3.195.80.4354100.9660.9910.1880.4750.62599
3.19-3.276.20.364220.9750.9940.1530.3920.83198.8
3.27-3.356.10.2724410.9870.9970.1170.2970.60699.5
3.35-3.445.60.3663920.9390.9840.1740.4071.22598.7
3.44-3.546.30.274480.9780.9940.1180.2960.96399.8
3.54-3.656.70.2674120.9710.9930.1170.2930.946100
3.65-3.786.70.2174240.9860.9960.090.2351.073100
3.78-3.946.50.2154510.9610.990.0960.2361.5399.8
3.94-4.116.80.1334020.9930.9980.0530.1430.876100
4.11-4.336.60.1124340.9940.9980.0460.1210.816100
4.33-4.66.10.114230.9930.9980.0470.120.85199.3
4.6-4.9670.0954360.9960.9990.0380.1020.888100
4.96-5.456.90.0824320.9960.9990.0330.0890.822100
5.45-6.246.60.0814310.9940.9990.0330.0880.864100
6.24-7.856.30.0734540.9970.9990.0310.0790.76199.8
7.85-406.10.0694550.9920.9980.0310.0760.88699.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YJ3

5yj3


解像度: 2.9→39.44 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2912 330 4.66 %
Rwork0.2334 --
obs0.2361 7083 82.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→39.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1172 1300 4 0 2476
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032653
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4733832
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.231783
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025411
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004271
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.660.36541410.28422620X-RAY DIFFRACTION65
3.66-39.440.26461890.21584133X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7120.03810.3670.82730.5971.2334-0.09230.0069-0.13250.08270.18360.0105-0.15670.10660.90880.31790.0598-0.10870.05110.08480.4462-8.9676-21.179626.8305
22.82240.31961.18261.00540.43542.8760.11221.1348-0.0812-0.49330.32490.38640.33380.52430.35360.7672-0.18160.05120.70720.10480.5274-8.127-22.217215.323
31.3388-0.73321.40381.7492-1.27181.6567-0.3442-0.2659-0.2589-0.22060.6970.0152-0.0631-0.6176-0.18551.0057-0.0774-0.05420.80270.14840.7083-6.1356-21.427818.6097
40.267-0.20250.15630.8171-0.11092.0389-0.0518-0.05240.10670.3539-0.0226-0.27810.03220.5516-0.56750.1496-0.0107-0.14450.0973-0.09750.126118.6107-38.925511.7471
52.796-1.7557-1.84824.12641.55383.63810.4021-0.25730.6810.29310.2081-0.6712-0.48560.33890.48560.4153-0.0564-0.06990.43340.17490.455821.9323-28.0439.4968
62.31530.7854-0.11481.79551.37421.9673-0.11440.41080.61410.37120.0211-0.3028-0.61471.0799-0.28520.6607-0.1092-0.21490.62260.14810.702223.3882-31.630610.0488
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 550 through 616)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 3 through 18)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 1 through 16)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 549 through 617)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 3 through 18)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 1 through 16)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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