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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8jpz | |||||||||
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タイトル | The thermostability mutant Gox_M8 from Aspergillus niger | |||||||||
要素 | Glucose oxidase (Fragment) | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Glucose oxidase (グルコースオキシダーゼ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Aspergillus niger (黒麹菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å | |||||||||
データ登録者 | Tu, T. / Yan, Y.R. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Revealing the pH-Dependent Activity Mechanism of a Ferrari Oxidoreductase Enzyme-Glucose Oxidase 著者: Tu, T. / Yan, Y.R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8jpz.cif.gz | 329.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8jpz.ent.gz | 212.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8jpz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/8jpz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/8jpz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 63154.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus niger (黒麹菌) / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: Q5Q041 |
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-糖 , 2種, 13分子
#2: 多糖 | #6: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 5種, 869分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-MPD / ( | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.97 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M HEPES buffer (pH 7.0), and 12% (w/v) polyethylene glycol monomethyl ether 2000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.08→21.18 Å / Num. obs: 94279 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 36.31 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.86 |
反射 シェル | 解像度: 2.08→2.154 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.21 / Num. unique obs: 9278 / CC1/2: 0.54 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.08→21.18 Å / SU ML: 0.2478 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.6575 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.79 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.08→21.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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