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万見
- PDB-8jpy: Solution NMR Structure of Zinc-fingers 1 and 2 (fragment 257-320)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jpy
タイトルSolution NMR Structure of Zinc-fingers 1 and 2 (fragment 257-320) from human Insulinoma-associated protein 1(INSM1)
要素Insulinoma-associated protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Transcription / Repressor
機能・相同性
機能・相同性情報


adrenal chromaffin cell differentiation / Regulation of gene expression in endocrine-committed (NEUROG3+) progenitor cells / pancreatic A cell differentiation / noradrenergic neuron development / type B pancreatic cell differentiation / transdifferentiation / regulation of cell cycle process / norepinephrine biosynthetic process / sympathetic ganglion development / type B pancreatic cell development ...adrenal chromaffin cell differentiation / Regulation of gene expression in endocrine-committed (NEUROG3+) progenitor cells / pancreatic A cell differentiation / noradrenergic neuron development / type B pancreatic cell differentiation / transdifferentiation / regulation of cell cycle process / norepinephrine biosynthetic process / sympathetic ganglion development / type B pancreatic cell development / positive regulation of neural precursor cell proliferation / negative regulation of protein phosphorylation / regulation of protein-containing complex assembly / transcription repressor complex / cyclin binding / positive regulation of cell differentiation / chromatin DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / histone deacetylase binding / neuron differentiation / cell migration / regulation of gene expression / molecular adaptor activity / cell population proliferation / regulation of cell cycle / positive regulation of cell migration / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Insulinoma-associated protein 1/2 / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Insulinoma-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者He, X.L. / Yang, Y.H.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22074152 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21921004 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21991080 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21735007 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural insights into a highly flexible zinc finger module unravel INSM1 function in transcription regulation.
著者: Zhou, H. / He, X. / Xiong, Y. / Gong, Y. / Zhang, Y. / Li, S. / Hu, R. / Li, Y. / Zhang, X. / Zhou, X. / Zhu, J. / Yang, Y. / Liu, M.
履歴
登録2023年6月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月19日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulinoma-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4183
ポリマ－7,2871
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Insulinoma-associated protein 1 / Zinc finger protein IA-1


分子量: 7287.485 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INSM1, IA1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01101
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-13C HSQC
1101isotropic22D 1H-15N HSQC
131isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
121isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
161isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
141anisotropic13D HN(CA)CB
171anisotropic13D HNCO
1141anisotropic13D HNCA
1131anisotropic13D HN(CO)CA
181isotropic13D HBHA(CO)NH
191isotropic13D CBCA(CO)NH
1151isotropic23D Nnoesy

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.69 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ZF3 protein, 0.69 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ZF3 protein, 0.69 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ZF3 protein, 0.69 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ZF3 protein, 0.69 mM ...内容: 0.69 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ZF3 protein, 0.69 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ZF3 protein, 0.69 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ZF3 protein, 0.69 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ZF3 protein, 0.69 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ZF3 protein, 90% H2O/10% D2O
Label: 13C-15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.69 mM / 構成要素: ZF3 protein / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: ambient Pa / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8501
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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