PDB-8jpt: Crystal Structure of the acyltransferase domain from the eighth m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8jpt

タイトル

Crystal Structure of the acyltransferase domain from the eighth module of the spinosad polyketide synthase

要素

Polyene macrolide polyketide synthase

キーワード

TRANSFERASE / acyltransferase domain

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin biosynthetic process / macrolide biosynthetic process / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

Polyketide synthase, docking domain superfmaily / Polyketide synthase, thioesterase domain / Thioesterase / Polyketide synthase, docking domain / Erythronolide synthase docking domain / : / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Saccharopolyspora spinosa (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.26 Å

データ登録者

Huang, S. / Zheng, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Insights into the Substrate Specificity of Acyltransferases from Tylosin Polyketide Synthase and Spinosad Polyketide Synthase
著者: Huang, S. / Zheng, J.

履歴

登録	2023年6月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8jpt.cif.gz	468.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8jpt.ent.gz	390.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8jpt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8jpt_validation.pdf.gz	446.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8jpt_full_validation.pdf.gz	473.2 KB	表示
XML形式データ	8jpt_validation.xml.gz	45.3 KB	表示
CIF形式データ	8jpt_validation.cif.gz	61.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/8jpt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jp/8jpt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8jpuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (15) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Polyene macrolide polyketide synthase

B: Polyene macrolide polyketide synthase

C: Polyene macrolide polyketide synthase

132 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polyene macrolide polyketide synthase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
44.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Polyene macrolide polyketide synthase

登録者が定義した集合体
44.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Polyene macrolide polyketide synthase

登録者が定義した集合体
44.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	196.345, 154.723, 65.209
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.09, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Polyene macrolide polyketide synthase / Polyketide synthase extender modules 8-10 分子量: 44114.672 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharopolyspora spinosa (バクテリア) 遺伝子: spnE, A8926_6425 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ALM2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M citric acid pH 5.0, 0.8 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97915 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.25→50 Å / Num. obs: 29154 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.1 % / CC_1/2: 0.947 / CC star: 0.986 / R_merge(I) obs: 0.125 / R_pim(I) all: 0.08 / R_rim(I) all: 0.149 / Χ²: 0.685 / Net I/σ(I): 4.8 / Num. measured all: 90970

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.25-3.31	3.1	0.435	1470	0.811	0.946	0.279	0.519	0.664	97.7
3.31-3.37	3.1	0.402	1444	0.773	0.934	0.258	0.479	0.716	97.9
3.37-3.43	3.1	0.341	1493	0.845	0.957	0.22	0.407	0.69	97.7
3.43-3.5	3	0.284	1452	0.835	0.954	0.183	0.34	0.732	97.4
3.5-3.58	3	0.286	1450	0.857	0.961	0.186	0.342	0.885	96.4
3.58-3.66	2.9	0.245	1362	0.866	0.963	0.161	0.294	0.85	88.5
3.66-3.75	3.1	0.212	1434	0.888	0.97	0.137	0.253	0.845	95.6
3.75-3.85	3.2	0.191	1499	0.906	0.975	0.12	0.226	0.797	98.6
3.85-3.97	3.3	0.169	1448	0.925	0.98	0.107	0.2	0.836	98.5
3.97-4.09	3.2	0.147	1495	0.924	0.98	0.094	0.175	0.776	98.2
4.09-4.24	3.2	0.144	1468	0.924	0.98	0.092	0.172	0.77	98.4
4.24-4.41	3.2	0.123	1492	0.948	0.987	0.078	0.146	0.788	98.2
4.41-4.61	3.2	0.114	1508	0.943	0.985	0.073	0.136	0.738	98.5
4.61-4.85	3.1	0.103	1453	0.963	0.99	0.065	0.122	0.67	97.5
4.85-5.16	3	0.097	1475	0.967	0.991	0.061	0.115	0.593	97.2
5.16-5.56	2.9	0.085	1346	0.961	0.99	0.055	0.102	0.464	88.8
5.56-6.11	3.3	0.09	1494	0.962	0.99	0.057	0.107	0.457	98.7
6.11-7	3.2	0.078	1499	0.963	0.99	0.049	0.092	0.426	97.9
7-8.81	3.1	0.073	1465	0.978	0.995	0.046	0.086	0.473	96.3
8.81-50	3.1	0.076	1407	0.962	0.99	0.049	0.091	0.525	90.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
HKL-2000	v718	データスケーリング
HKL-2000	v718	データ削減
PHASER	2.7.0	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.26→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.858 / SU B: 50.775 / SU ML: 0.387 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.513 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25752	1385	4.9 %	RANDOM
R_work	0.19786	-	-	-
obs	0.20079	26991	93.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 74.279 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.27 Å²	-0 Å²	0.7 Å²
2-	-	-2.43 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.26→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9299	0	0	13	9312

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	9476
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.016	9010
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.09	1.641	12910
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.345	1.567	20635
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.887	5	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.903	5	87
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.725	10	1440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.048	0.2	1479
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	11651
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2187
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.294	4.422	5009
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.278	4.422	5009
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.899	7.947	6256
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.899	7.948	6257
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.834	5.105	4467
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	9.833	5.105	4468
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	14.59	9.035	6655
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	20.163	55.43	41808
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	20.164	55.43	41807
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.26→3.344 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.353	87	-
R_work	0.268	1638	-
obs	-	-	78.12 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8039	-0.5166	-0.4989	0.553	0.3868	0.9095	0.0152	0.0829	0.1634	-0.0259	-0.0282	0.0543	-0.0716	0.0323	0.013	0.2755	0.0978	0.0113	0.3372	0.0031	0.1678	-31.6505	-44.6016	15.5712
2	0.7254	0.0869	0.6691	0.0445	0.1739	1.2589	0.0416	0.0247	0.0151	0.0722	0.0015	0.0261	0.1092	0.1367	-0.043	0.4008	-0.1069	-0.0082	0.3329	0.0233	0.0974	-25.1686	-76.9284	36.8987
3	0.4888	0.2633	0.0021	1.3109	-1.1034	1.2795	-0.0613	0.0814	-0.0249	0.0499	0.0932	-0.0604	0.0742	-0.3682	-0.0318	0.2971	-0.1723	-0.0586	0.5757	0.0497	0.0321	-56.782	-79.1	-6.454

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	24 - 441
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	24 - 441
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	24 - 440

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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