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- PDB-8jps: Structure of Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1 i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jps
タイトルStructure of Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1 in complex with the chemokine, CCL7 (Composite map)
要素
  • Atypical chemokine receptor 1
  • C-C motif chemokine 7
キーワードIMMUNE SYSTEM / GPCR / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chemokine production / CCR2 chemokine receptor binding / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / CCR chemokine receptor binding / C-C chemokine binding / eosinophil chemotaxis / cellular response to ethanol / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines ...regulation of chemokine production / CCR2 chemokine receptor binding / CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / CCR chemokine receptor binding / C-C chemokine binding / eosinophil chemotaxis / cellular response to ethanol / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / monocyte chemotaxis / cytoskeleton organization / Peptide ligand-binding receptors / G protein-coupled receptor activity / response to gamma radiation / recycling endosome / transmembrane signaling receptor activity / defense response / intracellular calcium ion homeostasis / chemotaxis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling / signaling receptor activity / heparin binding / regulation of cell shape / early endosome / positive regulation of cell migration / inflammatory response / signal transduction / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Duffy antigen/chemokine receptor / CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 7 / Atypical chemokine receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å
データ登録者Banerjee, R. / Khanppnavar, B. / Maharana, J. / Saha, S. / Korkhov, V.M. / Shukla, A.K.
資金援助 インド, 英国, 4件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR29041/BRB/10/1697/2018 インド
Wellcome TrustIA/S/20/1/504916 英国
Science and Engineering Research Board (SERB)SPR/2020/000408 インド
Science and Engineering Research Board (SERB)IPA/2020/000405 インド
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Molecular mechanism of distinct chemokine engagement and functional divergence of the human Duffy antigen receptor.
著者: Shirsha Saha / Basavraj Khanppnavar / Jagannath Maharana / Heeryung Kim / Carlo Marion C Carino / Carole Daly / Shane Houston / Saloni Sharma / Nashrah Zaidi / Annu Dalal / Sudha Mishra / ...著者: Shirsha Saha / Basavraj Khanppnavar / Jagannath Maharana / Heeryung Kim / Carlo Marion C Carino / Carole Daly / Shane Houston / Saloni Sharma / Nashrah Zaidi / Annu Dalal / Sudha Mishra / Manisankar Ganguly / Divyanshu Tiwari / Poonam Kumari / Gagan Deep Jhingan / Prem N Yadav / Bianca Plouffe / Asuka Inoue / Ka Young Chung / Ramanuj Banerjee / Volodymyr M Korkhov / Arun K Shukla /
要旨: The Duffy antigen receptor is a seven-transmembrane (7TM) protein expressed primarily at the surface of red blood cells and displays strikingly promiscuous binding to multiple inflammatory and ...The Duffy antigen receptor is a seven-transmembrane (7TM) protein expressed primarily at the surface of red blood cells and displays strikingly promiscuous binding to multiple inflammatory and homeostatic chemokines. It serves as the basis of the Duffy blood group system in humans and also acts as the primary attachment site for malarial parasite Plasmodium vivax and pore-forming toxins secreted by Staphylococcus aureus. Here, we comprehensively profile transducer coupling of this receptor, discover potential non-canonical signaling pathways, and determine the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure in complex with the chemokine CCL7. The structure reveals a distinct binding mode of chemokines, as reflected by relatively superficial binding and a partially formed orthosteric binding pocket. We also observe a dramatic shortening of TM5 and 6 on the intracellular side, which precludes the formation of the docking site for canonical signal transducers, thereby providing a possible explanation for the distinct pharmacological and functional phenotype of this receptor.
履歴
登録2023年6月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Atypical chemokine receptor 1
D: C-C motif chemokine 7
A: Atypical chemokine receptor 1
C: C-C motif chemokine 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3374
ポリマ－71,3374
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Atypical chemokine receptor 1


分子量: 28073.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACKR1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q16570
#2: タンパク質 C-C motif chemokine 7 / Monocyte chemoattractant protein 3 / Monocyte chemotactic protein 3 / MCP-3 / NC28 / Small- ...Monocyte chemoattractant protein 3 / Monocyte chemotactic protein 3 / MCP-3 / NC28 / Small-inducible cytokine A7


分子量: 7594.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCL7, MCP3, SCYA6, SCYA7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80098

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1 in complex with the chemokine, CCL7COMPLEXall0RECOMBINANT
2Duffy Antigen Receptor for Chemokines (DARC)/ACKR1COMPLEX#11RECOMBINANT
3CCL7COMPLEX#21RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
33Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 58 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4粒子像選択
7Coot0.9.6モデルフィッティング
9PHENIX1.20.1モデル精密化
13cryoSPARC4３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 25479169
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 308174 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.014862
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.9936652
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.102660
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.046817
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.009805

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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