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- PDB-8jp2: Crystal structure of AKR1C1 in complex with DFV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jp2
タイトルCrystal structure of AKR1C1 in complex with DFV
要素Aldo-keto reductase family 1 member C1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Aldo-Keto Reductase 1C1 / 20alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / Complex / Inhibitor / Flavanone
機能・相同性
機能・相同性情報


3-beta-hydroxy-5-beta-steroid dehydrogenase (NADP+) activity / 20alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-alpha,20-alpha-dihydroxypregn-4-en-3-one dehydrogenase [NAD(P)+] activity / : / steroid dehydrogenase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / indanol dehydrogenase / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase activity / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase / 3(or 17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase ...3-beta-hydroxy-5-beta-steroid dehydrogenase (NADP+) activity / 20alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-alpha,20-alpha-dihydroxypregn-4-en-3-one dehydrogenase [NAD(P)+] activity / : / steroid dehydrogenase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / indanol dehydrogenase / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase activity / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase / 3(or 17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / indanol dehydrogenase activity / 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase / 5-alpha-androstane-3-beta,17-beta-diol dehydrogenase (NADP+) activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / cellular response to jasmonic acid stimulus / androsterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / testosterone dehydrogenase (NADP+) activity / ketosteroid monooxygenase activity / intestinal cholesterol absorption / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase (NAD+) activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / retinal metabolic process / progesterone metabolic process / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / carboxylic acid binding / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / : / bile acid metabolic process / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / bile acid binding / aldose reductase (NADPH) activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / Prednisone ADME / prostaglandin metabolic process / bile acid and bile salt transport / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / digestion / epithelial cell differentiation / xenobiotic metabolic process / cholesterol homeostasis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
7-HYDROXY-2-(4-HYDROXY-PHENYL)-CHROMAN-4-ONE / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Aldo-keto reductase family 1 member C1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zheng, X.H. / Liu, H. / Yao, Z.Q. / Zhang, L.P.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government2022A1515010040
引用ジャーナル: Chem.Biol.Interact. / 年: 2023
タイトル: Inhibition of AKR1Cs by liquiritigenin and the structural basis.
著者: Liu, H. / Yao, Z. / Sun, M. / Zhang, C. / Huang, Y.Y. / Luo, H.B. / Wu, D. / Zheng, X.
履歴
登録2023年6月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldo-keto reductase family 1 member C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8393
ポリマ－36,8391
非ポリマー1,0002
水7,981443
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area13690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.462, 83.837, 49.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Aldo-keto reductase family 1 member C1 / 20-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 20-alpha-HSD / Chlordecone reductase homolog HAKRC / ...20-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 20-alpha-HSD / Chlordecone reductase homolog HAKRC / Dihydrodiol dehydrogenase 1 / DD1 / High-affinity hepatic bile acid-binding protein / HBAB


分子量: 36839.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1C1, DDH, DDH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q04828, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる, indanol dehydrogenase, 3(or 17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase, 3beta(or ...参照: UniProt: Q04828, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる, indanol dehydrogenase, 3(or 17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase, 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase, 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase, 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase, 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase, trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase, 20alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-DFV / 7-HYDROXY-2-(4-HYDROXY-PHENYL)-CHROMAN-4-ONE / 5-DEOXYFLAVANONE / リクイリチゲニン


分子量: 256.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: アゴニスト*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 23-27% (w/v) PEG 4000, 100 mM Hepes , 10 mM CaCl2 and 0.4 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→21.23 Å / Num. obs: 29670 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 10.76 Å2 / CC1/2: 0.939 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.864 Å / Num. unique obs: 2944 / CC1/2: 0.858 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3283: ???)精密化
CrysalisProデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.8→12.777 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2491 1521 5.28 %
Rwork0.1965 --
obs0.1991 28787 97.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→12.777 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2555 0 67 443 3065
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072687
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9263653
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.3041654
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056399
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007504
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.85790.27951360.22342355X-RAY DIFFRACTION93
1.8579-1.92410.30581690.22462394X-RAY DIFFRACTION97
1.9241-2.00090.25451510.21442413X-RAY DIFFRACTION96
2.0009-2.09160.31071310.20872485X-RAY DIFFRACTION97
2.0916-2.20130.27261410.20052469X-RAY DIFFRACTION97
2.2013-2.33850.24621270.20662455X-RAY DIFFRACTION97
2.3385-2.51770.26281440.20412462X-RAY DIFFRACTION98
2.5177-2.76880.27551340.19852529X-RAY DIFFRACTION100
2.7688-3.16410.24341280.19822541X-RAY DIFFRACTION100
3.1641-3.96660.21471210.17232594X-RAY DIFFRACTION100
3.9666-12.7770.19581390.18292569X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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